Gene

KWMTBOMO12677

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr21(+):11390953-11391948      View in EpiBrowser

Location in the cell

Nuclear   Reliability : 3.343

CDS

ATGGTAGTTTCAAGAAACCCGGATTTGAGTTCAAGCGTATCTGTAGCTGGGAAACAACTAGAGCGGGTACGACAGTACAAGTATTTAGGAGCTTGGGTAAATGAAGCATGGGAATCTGATCAAGAAATCAAGACCCGGATAGAAACTGCTCAAGCCTCTTTTAATAAAATGAGGAAAGTTCTTTGCTGTCTTCAACTGAATATAAAGCTCCGAGTCAGGCTACTCATGTGCTATATCTGGCCTATCGTCATGTATGGTTGCGAAACGTGGACCCTGAAAGAGGACACTACAAGACGCCTACAGGCATTCGAGATGTGGTGCTACCGTCGCATGTTACGCATTAGTTGGACGCAGAGGGTCAGGAACGAAACCGTGCTTCAGCGCGTTCATATGTCCCGGAAAATGTTGCCTTCTATCAAAAAGCGCAAGACAGAGTATCTCGGCCACGTGCTCAGGAACGATCGATACATGCTGCTGCAGCTGATAATTATGGGCAAAATGGACGGAAAGAGACGTGCTGGGCGAAGAAAAAAGTCATGGCTCCGGAATATCCGGGAGTGGACCGGTATTGCATCCGTCGAACAGCTGTTCCAGCTGGCTGCTGACAGAAAAGAATACAGGAAGCTAACGGCCAACCTTCAGGATTGA

Protein

MVVSRNPDLSSSVSVAGKQLERVRQYKYLGAWVNEAWESDQEIKTRIETAQASFNKMRKVLCCLQLNIKLRVRLLMCYIWPIVMYGCETWTLKEDTTRRLQAFEMWCYRRMLRISWTQRVRNETVLQRVHMSRKMLPSIKKRKTEYLGHVLRNDRYMLLQLIIMGKMDGKRRAGRRKKSWLRNIREWTGIASVEQLFQLAADRKEYRKLTANLQD

Uniprot

D5LB38   A0A2A4J795   A0A146L0Z1   A0A0A9XCF5   A0A0A9XXL9   A0A0J7KRQ5   + More
A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A2A4JBK9   S4NFP7   A0A0K8T3U8   A0A2S2NMQ2   A0A3Q0JFR3   A0A0B7BSZ9   A0A0B7BUR9   A0A0B7BT80   A0A0B7BVD9   A0A0B7BVD3   A0A0B7BSB6   E2C8Z8   A0A2J7RG81   A0A2J7R045   A0A2J7QN33   A0A2J7PGF8   A0A2J7Q676   A0A2J7Q7P8   A0A2J7PZP5   A0A2S2PZ46   A0A2J7PDC6   A0A2J7Q4D3   A0A2J7RTL3   A0A2J7QV96   A0A2J7RNL1   A0A2J7RPC0   A0A2J7PNF2   A0A2J7RQ44   A0A2J7RQG9   A0A2J7RMV2   A0A2J7QAH8   A0A2J7PWM3   A0A2S2PJ33   X1XQS0   A0A2J7QXG8   A0A2J7QIG5   A0A2J7QAN0   A0A2J7QEA2   A0A2J7QUT4   A0A2J7RH22   A0A2J7PF56   A0A2J7QZ54   A0A2J7RKH7   A0A2J7PVJ3   A0A2J7RLP3   A0A2J7RSJ5   A0A2J7QJ13   A0A2J7QEN3   A0A2J7Q6A8   A0A2J7QR14   A0A2J7PWU5   A0A2J7QVI2   A0A2J7PWV5   A0A2J7QSD2   A0A2J7RS69   A0A2J7PF33   A0A2J7PDY4   A0A2J7R4G7   A0A2J7RFE8   J9KDM4   A0A2J7QME3   A0A2J7PXJ3   A0A2J7R4L3   A0A2J7R3G6   A0A2J7PMA7   A0A2J7QVS6   A0A2J7Q420   A0A2J7QLG4   A0A2J7PFP6   A0A2J7R076   A0A2J7Q0H2   A0A2J7RMV7   A0A2J7RAR3   A0A2J7PJ38   A0A2J7RDL7   A0A2J7RM57   A0A2J7QD50   A0A2J7QP57   A0A2J7PJ03   A0A2J7RLC6   A0A2J7QR00   A0A2J7Q7C4   A0A2J7Q5D5   A0A2S2Q0B1   A0A2J7RIN3   A0A2J7PGM6   A0A2J7PBF1   A0A2J7RKX8  

Pubmed

20470440    26823975    25401762    23622113    20798317   

EMBL

GU815089    ADF18552.1    NWSH01002736    PCG67606.1    GDHC01017214    JAQ01415.1    + More
GBHO01028834    JAG14770.1    GBHO01020011    GDHC01013600    JAG23593.1    JAQ05029.1    LBMM01003995    KMQ92919.1    LBMM01001656    KMQ95932.1    GGMS01004979    MBY74182.1    NWSH01001998    PCG69477.1    GAIX01014959    JAA77601.1    GBRD01005612    JAG60209.1    GGMR01005851    MBY18470.1    HACG01049248    HACG01049253    CEK96113.1    CEK96118.1    HACG01049251    HACG01049252    CEK96116.1    CEK96117.1    HACG01049244    HACG01049247    CEK96109.1    CEK96112.1    HACG01049255    CEK96120.1    HACG01049245    CEK96110.1    HACG01049249    CEK96114.1    GL453752    EFN75584.1    NEVH01004403    PNF39833.1    NEVH01008300    PNF34184.1    NEVH01013201    PNF29989.1    NEVH01025635    PNF15414.1    NEVH01017535    PNF24084.1    NEVH01017441    PNF24607.1    NEVH01020333    PNF21801.1    GGMS01001437    MBY70640.1    NEVH01026391    PNF14322.1    NEVH01018384    PNF23448.1    NEVH01000001    PNF44158.1    NEVH01010478    PNF32508.1    NEVH01002157    PNF42414.1    NEVH01001374    PNF42669.1    NEVH01023953    PNF17874.1    NEVH01001347    PNF42965.1    NEVH01001337    PNF43070.1    NEVH01002549    PNF42160.1    NEVH01016330    PNF25584.1    NEVH01020870    PNF20747.1    GGMR01016842    MBY29461.1    ABLF02038495    NEVH01009381    PNF33254.1    NEVH01013652    PNF28353.1    NEVH01016329    PNF25648.1    NEVH01015318    PNF26901.1    NEVH01010487    PNF32335.1    NEVH01003750    PNF40097.1    NEVH01026085    PNF14958.1    NEVH01009076    PNF33845.1    NEVH01002728    PNF41343.1    NEVH01020956    NEVH01016294    NEVH01011197    NEVH01009765    NEVH01003008    PNF20357.1    PNF26083.1    PNF31821.1    PNF32947.1    PNF40845.1    NEVH01002684    PNF41750.1    NEVH01000257    PNF43803.1    NEVH01013563    PNF28562.1    NEVH01015308    PNF27027.1    NEVH01017534    PNF24114.1    NEVH01012081    PNF31013.1    NEVH01020868    PNF20801.1    NEVH01009907    PNF32598.1    NEVH01020867    PNF20816.1    NEVH01011876    PNF31501.1    NEVH01000295    PNF43662.1    PNF14932.1    NEVH01026122    PNF14543.1    NEVH01007419    PNF35717.1    NEVH01004413    PNF39563.1    ABLF02046942    ABLF02059971    NEVH01013210    PNF29764.1    NEVH01020856    PNF21059.1    NEVH01007405    PNF35773.1    NEVH01007819    PNF35377.1    NEVH01024189    PNF17475.1    NEVH01009772    PNF32674.1    NEVH01018411    PNF23333.1    NEVH01013245    PNF29434.1    NEVH01025651    PNF15155.1    NEVH01008283    PNF34242.1    NEVH01019967    PNF22088.1    PNF42173.1    NEVH01006565    PNF37921.1    NEVH01024952    PNF16338.1    NEVH01005288    PNF38924.1    NEVH01002574    PNF41923.1    NEVH01015827    PNF26505.1    NEVH01012097    PNF30370.1    PNF16321.1    NEVH01002690    PNF41636.1    PNF31014.1    NEVH01017443    PNF24479.1    NEVH01017570    PNF23798.1    GGMS01001369    MBY70572.1    NEVH01003494    PNF40693.1    NEVH01025174    PNF15486.1    NEVH01027104    PNF13657.1    NEVH01002704    PNF41497.1   

Proteomes

UP000218220    UP000036403    UP000079169    UP000008237    UP000235965    UP000007819    + More

PRIDE

D5LB38   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR000477   RT_dom       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D5LB38   A0A2A4J795   A0A146L0Z1   A0A0A9XCF5   A0A0A9XXL9   A0A0J7KRQ5   + More
A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A2A4JBK9   S4NFP7   A0A0K8T3U8   A0A2S2NMQ2   A0A3Q0JFR3   A0A0B7BSZ9   A0A0B7BUR9   A0A0B7BT80   A0A0B7BVD9   A0A0B7BVD3   A0A0B7BSB6   E2C8Z8   A0A2J7RG81   A0A2J7R045   A0A2J7QN33   A0A2J7PGF8   A0A2J7Q676   A0A2J7Q7P8   A0A2J7PZP5   A0A2S2PZ46   A0A2J7PDC6   A0A2J7Q4D3   A0A2J7RTL3   A0A2J7QV96   A0A2J7RNL1   A0A2J7RPC0   A0A2J7PNF2   A0A2J7RQ44   A0A2J7RQG9   A0A2J7RMV2   A0A2J7QAH8   A0A2J7PWM3   A0A2S2PJ33   X1XQS0   A0A2J7QXG8   A0A2J7QIG5   A0A2J7QAN0   A0A2J7QEA2   A0A2J7QUT4   A0A2J7RH22   A0A2J7PF56   A0A2J7QZ54   A0A2J7RKH7   A0A2J7PVJ3   A0A2J7RLP3   A0A2J7RSJ5   A0A2J7QJ13   A0A2J7QEN3   A0A2J7Q6A8   A0A2J7QR14   A0A2J7PWU5   A0A2J7QVI2   A0A2J7PWV5   A0A2J7QSD2   A0A2J7RS69   A0A2J7PF33   A0A2J7PDY4   A0A2J7R4G7   A0A2J7RFE8   J9KDM4   A0A2J7QME3   A0A2J7PXJ3   A0A2J7R4L3   A0A2J7R3G6   A0A2J7PMA7   A0A2J7QVS6   A0A2J7Q420   A0A2J7QLG4   A0A2J7PFP6   A0A2J7R076   A0A2J7Q0H2   A0A2J7RMV7   A0A2J7RAR3   A0A2J7PJ38   A0A2J7RDL7   A0A2J7RM57   A0A2J7QD50   A0A2J7QP57   A0A2J7PJ03   A0A2J7RLC6   A0A2J7QR00   A0A2J7Q7C4   A0A2J7Q5D5   A0A2S2Q0B1   A0A2J7RIN3   A0A2J7PGM6   A0A2J7PBF1   A0A2J7RKX8  

KEGG

101739063    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC101739063

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0016021  

Length:

215

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

1.16018

Exp number, first 60 AAs:

0.00062

Total prob of N-in:

0.09419

outside

1  -  215

 

 

Pi

2.775001

Theta

7.951037

Tajima's D

-1.990642

CLR

184.929872

CSRT

0.0116994150292485

Interpretation

Uncertain