Gene

KWMTBOMO12397

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr21(-):2172653-2173466      View in EpiBrowser

Location in the cell

Mitochondrial   Reliability : 2.177

CDS

ATGGGACTAGCAATTAACAAAAGCAAGATCAAGCTGCTAGTCGTAGACCGCTTCTCATCCATTCAGCGTACGGACCTTTTGGCAGAATACGAGGCCGTAGACCAGTTTGTCTACCTTGGTTCTGTGATCACGGATAAGGGGAGCTGTGAGCCTGAAATACGCCGACGTATTGGAATGGCTAAAACAGCTATGACGCAGTTGAGCAAAGTTTGGAAAGATCGTAATATTTCGAATAGGACCAAAATACATCTTGTGCAGTCACTGGTCTTTCCAATCGCTCTCTATGGAGCAGAAACATGGACCATAAAAGCAGCTGACCGAAACAGACTTGATGCTTTTGAAATGTGGTGCTGGCGCCGCCTATTAAGGGTTCCATGGACAGCCCACCGCACGAACATCTCGGTCCTACATCAGTTTAAAATGGAGAACGCTCAACGCCTGTCTGCCACCTGTCTGCAACTCATAATGCGCTACTTTGGCCACGTTGCCCGCAGAGGTGTAAACAACTTGGAACGTCTGATGGTCACTGGGAAAGTAGAAGGAAAACGTCCTAGAGGCTGGAGCCCCAAACGTTGGTCCGACCAGATCTCCGAGCAAACCAGCGGACCATTTAGCGCTGCACTACACCAGGCAACTAACCGGAACCGATGGAGGCTGACAGTCGACAAGCTAAAACGGAGTCACGATCCTCAGCAATGA

Protein

MGLAINKSKIKLLVVDRFSSIQRTDLLAEYEAVDQFVYLGSVITDKGSCEPEIRRRIGMAKTAMTQLSKVWKDRNISNRTKIHLVQSLVFPIALYGAETWTIKAADRNRLDAFEMWCWRRLLRVPWTAHRTNISVLHQFKMENAQRLSATCLQLIMRYFGHVARRGVNNLERLMVTGKVEGKRPRGWSPKRWSDQISEQTSGPFSAALHQATNRNRWRLTVDKLKRSHDPQQ

Uniprot

D7F163   D7F172   D7F161   A0A2H1VU13   D7F168   A0A3S2L0R7   + More
A0A2W1BGD9   D7F162   D7F175   D7F167   D5LB39   A0A2H1VNK5   A0A2H1V742   A0A2G8JE23   A0A402EVI9   A0A402EH12   A0A2G8K796   A0A402EZ91   A0A402F820   A0A402F7K5   A0A402F4B4   A0A402FFI9   A0A402EPS0   A0A402EU36   A0A402FU19   A0A402EJ80   A0A402FRA5   A0A402F3J9   A0A402EG32   A0A402E7Y2   A0A402EJN5   A0A402EKQ0   A0A402F826   A0A402F0A9   A0A402F524   A0A402EZQ5   A0A402EKS1   A0A402EP91   A0A402EKM7   A0A402F218   A0A402EKH9   A0A402FFG6   A0A402FDL1   A0A402ECI4   A0A402EBU4   A0A402ELI2   A0A402EZT0   A0A402EBN8   A0A402EBL6   A0A402F360   A0A402FWJ9   A0A402FLP7   A0A402FL85   A0A402FDS4   A0A402F758   A0A402EJ24   A0A402EBM0   A0A402ECT4   A0A402FLC1   A0A402E7Y8   A0A402EQH3   A0A402FRC2   A0A402FA63   A0A402E6L1   A0A402EPS4   A0A402FFD1   W5NMM5   A0A402EF46   A0A402EG93   A0A402EZ17   A0A402F4J0   A0A402EZI8   A0A402EWP4   A0A402ETD7   A0A402F596   A0A402F4H0   A0A402EW92   A0A402FAF7   A0A402EKQ9   A0A402EH06   A0A402FSL7   A0A402F166   A0A402EG88   A0A402EBA1   A0A402EK07   A0A2G8JVI4   A0A402F3K4   A0A402F0Z3   A0A402F7J4   A0A402FFT5   A0A402FAC1   A0A402E7I9   A0A402FCQ3   A0A402F9M2   A0A402EX62   A0A402EKD3   A0A402F5N5   A0A402EU55   A0A402EBR9   A0A402ETE3  

Pubmed

20470440    28756777    29023486   

EMBL

FJ265548    ADI61816.1    FJ265557    ADI61825.1    FJ265546    ADI61814.1    + More
ODYU01004401    SOQ44236.1    FJ265553    ADI61821.1    RSAL01000289    RVE42931.1    KZ150203    PZC72267.1    FJ265547    ADI61815.1    FJ265560    ADI61828.1    FJ265552    ADI61820.1    GU815090    ADF18553.1    ODYU01003523    SOQ42419.1    ODYU01001007    SOQ36619.1    MRZV01002322    PIK33998.1    BDOT01000049    GCF48199.1    BDOT01000011    GCF43483.1    MRZV01000817    PIK43880.1    BDOT01000067    GCF49499.1    BDOT01000136    GCF52589.1    BDOT01000127    GCF52250.1    BDOT01000102    GCF51323.1    BDOT01000229    GCF55077.1    BDOT01000029    GCF46213.1    BDOT01000043    GCF47709.1    BDOT01000605    GCF59871.1    BDOT01000015    GCF44244.1    BDOT01000476    GCF58985.1    BDOT01000096    GCF51102.1    BDOT01002031    GCF43155.1    BDOT01000002    GCF40281.1    BDOT01000016    BDOT01001142    GCF44381.1    GCF61716.1    BDOT01000018    GCF44764.1    GCF52591.1    BDOT01000073    GCF49926.1    BDOT01000045    BDOT01000110    GCF47846.1    GCF51642.1    BDOT01000069    GCF49671.1    GCF44759.1    BDOT01000028    GCF46025.1    GCF44750.1    BDOT01000084    GCF50558.1    GCF44715.1    BDOT01000230    GCF55115.1    BDOT01000203    GCF54495.1    BDOT01000006    GCF41907.1    BDOT01000005    BDOT01000065    GCF41638.1    GCF49423.1    BDOT01000022    GCF45060.1    GCF49634.1    GCF41659.1    GCF41567.1    BDOT01000090    GCF50896.1    BDOT01000816    GCF60864.1    BDOT01000335    GCF57285.1    BDOT01000333    GCF57251.1    BDOT01000024    BDOT01000208    GCF45062.1    GCF45289.1    GCF54601.1    BDOT01000130    GCF52365.1    GCF44200.1    GCF41639.1    GCF41954.1    GCF57283.1    GCF40329.1    BDOT01000031    GCF46419.1    BDOT01000484    GCF59029.1    BDOT01000161    GCF53338.1    BDOT01000001    GCF39783.1    GCF46212.1    BDOT01000234    GCF55219.1    AHAT01022938    BDOT01000008    GCF42801.1    BDOT01000010    GCF43212.1    BDOT01000066    GCF49478.1    BDOT01000104    GCF51438.1    GCF49500.1    BDOT01000055    GCF48642.1    BDOT01000039    GCF47419.1    BDOT01000105    GCF51467.1    BDOT01000103    GCF51376.1    BDOT01000052    GCF48476.1    BDOT01000165    GCF53438.1    GCF44774.1    GCF43472.1    BDOT01000537    GCF59468.1    BDOT01000078    GCF50245.1    GCF43215.1    GCF41453.1    GCF44533.1    MRZV01001207    PIK39730.1    GCF51115.1    BDOT01000075    GCF50047.1    BDOT01000134    GCF52502.1    BDOT01000240    GCF55388.1    BDOT01000163    GCF53402.1    GCF40140.1    BDOT01000192    GCF54186.1    BDOT01000153    GCF53117.1    BDOT01000058    GCF48816.1    BDOT01000017    GCF44644.1    BDOT01000113    GCF51771.1    GCF47710.1    GCF41662.1    BDOT01000040    GCF47493.1   

Proteomes

UP000283053    UP000230750    UP000288954    UP000018468   

PRIDE

D7F163    D7F172    D7F161    D7F168    D7F162    D7F175    + More
D7F167    D5LB39   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR000477   RT_dom       
IPR002138   Pept_C14_p10       
IPR039034   INPP4       
IPR035892   C2_domain_sf       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10     2.60.40.150    

ProteinModelPortal

D7F163   D7F172   D7F161   A0A2H1VU13   D7F168   A0A3S2L0R7   + More
A0A2W1BGD9   D7F162   D7F175   D7F167   D5LB39   A0A2H1VNK5   A0A2H1V742   A0A2G8JE23   A0A402EVI9   A0A402EH12   A0A2G8K796   A0A402EZ91   A0A402F820   A0A402F7K5   A0A402F4B4   A0A402FFI9   A0A402EPS0   A0A402EU36   A0A402FU19   A0A402EJ80   A0A402FRA5   A0A402F3J9   A0A402EG32   A0A402E7Y2   A0A402EJN5   A0A402EKQ0   A0A402F826   A0A402F0A9   A0A402F524   A0A402EZQ5   A0A402EKS1   A0A402EP91   A0A402EKM7   A0A402F218   A0A402EKH9   A0A402FFG6   A0A402FDL1   A0A402ECI4   A0A402EBU4   A0A402ELI2   A0A402EZT0   A0A402EBN8   A0A402EBL6   A0A402F360   A0A402FWJ9   A0A402FLP7   A0A402FL85   A0A402FDS4   A0A402F758   A0A402EJ24   A0A402EBM0   A0A402ECT4   A0A402FLC1   A0A402E7Y8   A0A402EQH3   A0A402FRC2   A0A402FA63   A0A402E6L1   A0A402EPS4   A0A402FFD1   W5NMM5   A0A402EF46   A0A402EG93   A0A402EZ17   A0A402F4J0   A0A402EZI8   A0A402EWP4   A0A402ETD7   A0A402F596   A0A402F4H0   A0A402EW92   A0A402FAF7   A0A402EKQ9   A0A402EH06   A0A402FSL7   A0A402F166   A0A402EG88   A0A402EBA1   A0A402EK07   A0A2G8JVI4   A0A402F3K4   A0A402F0Z3   A0A402F7J4   A0A402FFT5   A0A402FAC1   A0A402E7I9   A0A402FCQ3   A0A402F9M2   A0A402EX62   A0A402EKD3   A0A402F5N5   A0A402EU55   A0A402EBR9   A0A402ETE3  

KEGG

101743432    K13356 alcohol-forming fatty acyl-CoA reductase [EC:1.2.1.84] | (RefSeq) fatty acyl-CoA reductase 1-

PATHWAY

04146    Peroxisome - Bombyx mori (domestic silkworm)

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0004197   GO:0016021  

PANTHER

PTHR12187  

Length:

232

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

1.16958

Exp number, first 60 AAs:

0.00019

Total prob of N-in:

0.12332

outside

1  -  232

 

 

Pi

39.175881

Theta

106.584043

Tajima's D

-0.711902

CLR

0

CSRT

0.194490275486226

Interpretation

Uncertain