SGID Silkworm Genome Informatics Database
Gene
KWMTBOMO10547  Validated by peptides from experiments
Pre Gene Modal
BGIBMGA006975
Annotation
mitochondrial_ribosomal_protein_L12_[Bombyx_mori]
Location in the cell
Mitochondrial   Reliability : 1.526
 

Sequence

CDS
ATGAACGGAATCAGAATAATTAAAAATGTCAATTTGCAGTGGCGATCTTTATCAAGATGTTCTGTTCTTCGGCAGGAGGTAACACAAACAGTCACACCTCTGACTATCCCAGTTCCTGAAGGCGTAGATAAACCTGTTTCGCCTAAAATCGAGAAGATCGTCTTCGAAATTACTAATTTAAATCTCTTAGAAGTATCAGAGCTGAGTCAAGTATTAAAAAAGAGATTGAACCTGCCCGACGCTCCAATTATGCCAATGGGCGGATTCGCAATGGCTCCAGCGGCTGCTGTTGATGAAGAAGAGGCAGCCCCGAAAGCTGTGAAGACCAGTTTTACAGTTAAAATGACGAAATTTGATGACAAACAAAAAGTGGCACTGATCAAAGAAGTCAAGGGTCTTCTTGAAGGATTTAATTTAGTGCAGGCCAAGAAGTTTGTCGAGAGTGTACCCACAGTAGTGAAGGCAGATATTTCTAAAGATGAAGCCGAGAAACTAAAAGAGGCATTAACCAAAGTTGGAGCCATTATAGAAATTGAATAG
Protein
MNGIRIIKNVNLQWRSLSRCSVLRQEVTQTVTPLTIPVPEGVDKPVSPKIEKIVFEITNLNLLEVSELSQVLKKRLNLPDAPIMPMGGFAMAPAAAVDEEEAAPKAVKTSFTVKMTKFDDKQKVALIKEVKGLLEGFNLVQAKKFVESVPTVVKADISKDEAEKLKEALTKVGAIIEIE

Summary

EMBL
BABH01015102    DQ443255    ABF51344.1    AY038364    ODYU01006991    AAK72378.1    + More
SOQ49337.1    NWSH01003243    PCG66703.1    KQ459603    KPI93138.1    KQ460124    KPJ17654.1    AB264724    BAG30798.1    AGBW02014713    OWR41137.1    KQ971362    EFA07911.1    NNAY01001571    OXU23563.1    GEDC01020795    JAS16503.1    LJIG01022816    KRT78568.1    JTDY01000330    KOB77666.1    GEBQ01013646    JAT26331.1    NEVH01020858    PNF21024.1    BT126527    AEE61491.1    JXUM01151081    GAPW01004805    KQ571141    JAC08793.1    KXJ68239.1    ATLV01004187    KE524195    KFB35064.1    DS232814    EDS25882.1    GFDL01008694    JAV26351.1    APGK01036671    KB740941    KB632225    ENN77613.1    ERL90240.1    GECZ01005466    JAS64303.1    KK854674    PTY17809.1    DQ440433    CH477375    ABF18466.1    EAT42330.1    GANO01003627    JAB56244.1    GECL01002685    JAP03439.1    GFTR01002883    JAW13543.1    AXCM01003183    KK853134    KDR10841.1    GBGD01003208    JAC85681.1    GQ905463    GQ905464    GQ905465    GQ905466    GQ905467    GQ905468    GQ905469    GQ905470    GQ905471    GQ905472    GQ905473    GQ905474    GQ905475    GQ905476    GQ905477    GQ905478    GQ905479    ACZ65929.1    ACZ65930.1    ACZ65931.1    ACZ65932.1    ACZ65933.1    ACZ65934.1    ACZ65935.1    ACZ65936.1    ACZ65937.1    ACZ65938.1    ACZ65939.1    ACZ65940.1    ACZ65941.1    ACZ65942.1    ACZ65943.1    ACZ65944.1    ACZ65945.1    GQ905480    GQ905481    GQ905482    GQ905483    GQ905484    GQ905485    GQ905486    GQ905487    GQ905488    GQ905489    GQ905490    GQ905491    GQ905492    GQ905493    ACZ65946.1    ACZ65947.1    ACZ65948.1    ACZ65949.1    ACZ65950.1    ACZ65951.1    ACZ65952.1    ACZ65953.1    ACZ65954.1    ACZ65955.1    ACZ65956.1    ACZ65957.1    ACZ65958.1    ACZ65959.1    GQ896469    GQ896470    GQ896471    GQ896472    GQ896473    GQ896474    GQ896475    GQ896476    GQ896477    GQ896478    GQ896479    GQ896480    GQ896481    GQ896482    GQ896483    GQ896484    GQ896485    ACZ54799.1    ACZ54800.1    ACZ54801.1    ACZ54802.1    ACZ54803.1    ACZ54804.1    ACZ54805.1    ACZ54806.1    ACZ54807.1    ACZ54808.1    ACZ54809.1    ACZ54810.1    ACZ54811.1    ACZ54812.1    ACZ54813.1    ACZ54814.1    ACZ54815.1    GGFJ01009674    MBW58815.1    CH379070    EAL30270.1    GFDG01000881    JAV17918.1    AXCN02001048    CH479208    EDW31173.1    AAAB01008834    EAA05705.3    APCN01001877    GGFJ01009673    MBW58814.1    GEZM01087460    JAV58673.1    GGFM01007672    MBW28423.1    GGFM01007675    MBW28426.1    GFDG01000883    JAV17916.1    GGFK01009146    MBW42467.1    GGFK01009242    MBW42563.1    GBYB01001471    GBYB01001472    JAG71238.1    JAG71239.1    GGFM01004714    MBW25465.1    OUUW01000002    SPP76730.1    ADMH02001725    ETN61290.1    GGFK01009271    MBW42592.1    CH963847    EDW73268.1    KA647625    AFP62254.1    GAMD01003078    JAA98512.1    GAMC01002354    JAC04202.1    ADTU01005935    GFDF01004972    JAV09112.1    GFDF01004971    JAV09113.1    GL762003    EFZ22473.1    JRES01001077    KNC25704.1    KQ976738    KYM75788.1    CH940647    EDW69139.1    GDAI01000595    JAI17008.1    CH933809    EDW17899.1    GL450410    EFN81003.1    ABLF02035429    AJVK01007787    CH480815    EDW40787.1    CM000363    CM002912    EDX09782.1    KMY98516.1    AE014296    AY060871    AY075505    AAF50348.1    AAL28419.1    AAL68314.1    ACPB03010575    GDHF01023313    GDHF01001562    JAI29001.1    JAI50752.1    GL888345    EGI62356.1    GFXV01005169    MBW16974.1    QOIP01000001    RLU26871.1    GGMS01010029    MBY79232.1    CM000159    EDW93096.1    CVRI01000001    CRK86356.1    CP012525    ALC42894.1    GAKP01001332    GAKP01001331    JAC57620.1    CH902618    EDV39662.1    GDKW01002931    JAI53664.1   
Pfam
PF00542   Ribosomal_L12        + More
PF16320   Ribosomal_L12_N
PF02944   BESS
PF10545   MADF_DNA_bdg
Interpro
IPR000206   Ribosomal_L7/12        + More
IPR013823   Ribosomal_L7/L12_C       
IPR036235   Ribosomal_L7/L12_oligo_N_sf       
IPR008932   Ribosomal_L7/L12_oligo       
IPR014719   Ribosomal_L7/12_C/ClpS-like       
IPR039353   TF_Adf1       
IPR006578   MADF-dom       
IPR004210   BESS_motif       
SUPFAM
SSF48300   SSF48300        + More
SSF54736   SSF54736       
Gene 3D
PDB
6GB2     E-value=2.35642e-17,     Score=213

Ontologies

Topology

Subcellular location
Nucleus  
Length:
179
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
0.00717
Exp number, first 60 AAs:
0.00019
Total prob of N-in:
0.23754
outside
1  -  179
 
 

Population Genetic Test Statistics

Pi
145.162762
Theta
195.580036
Tajima's D
-1.112818
CLR
194.424355
CSRT
0.12024398780061
Interpretation
Uncertain
Peptides ×
Source Sequence Identity Evalue
28556443 GLLEGFNLVQAK 100.00 2e-10
26822097 GIIEGFNIVQAK 96.00 4e-10
28556443 TKFDDK 100.00 8e-04
Copyright@ 2018-2023    Any Comments and suggestions mail to:zhuzl@cqu.edu.cn   渝ICP备19006517号

渝公网安备 50010602502065号