Gene

KWMTBOMO09245

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr15(-):14005664-14006927      View in EpiBrowser

Location in the cell

Mitochondrial   Reliability : 1.879

CDS

ATGGTTAGAGTGAATGACGTCATCTCGGGACCTTTTAAGCCGGAAAAAGGTGTGCGACAGGGGTGCATACTTTCTCCTATTCTTTTCAATGTGTATGGAGAATATGTAATGAGAAAAGCCTTAGAGGACTGGGAGGGGGGCATCTCAGTCGGTGGCATAAAAATTAGCAATCTGAGATATGCGGACGATACCACGCTTTTCGCGTCATCTGAGAAGGAGCTTGCTGACCTATTCCGTAGAGTGGAGTATGAGAGTAGTTTGGTGGGGCTCTCCGTTAATAAGTCCAAAACAAAGGTCATGATAGTGGACAGAACCAGTCAACTCTCTAGAACTGGAGAGCTATCAGATCTAGAATTCGTCAGCGAGTTCATATACCTCGGGTCCTTACTGACCGACCGCGGAGGCAGTGAGGGAGAGATAAGGAGGAGGACGCAGATGGCCAAAACAGCGATGACCAAGCTCAAACGAATATGGCAAAATCGCAAAGTCTCTAACGTCACGAAAATGAGACTCGTCCGAACCTTAGTTTTCTCAATCTTTCTCTACGGGGCAGAGTCCTGGACAATTAAGGCATCCGAGCGCAAGAAAATAAACGCATTTGAAATGTGGTGCTGGAGACGAATGCTCCGAATTCCGTGGACGGCCAAGAGGACAAATAAATCTATCCTGGATCAGCTTCGCATCCGAGTCAGGCTCTCAACAATCTGTTACCAGAGGATCCTCAGCTACTTCGGTCATATTGCCCGCCGACAGTCAGATAACTTGGACAAAGTGATTGTGACGGGCAAAGTAGAAGGAAAGAGACCCCGCGGCCGATTACCTAGCCGTTGGTGTGATCAAGTAACCGCTCTAACTGGGTTGCCAGTCGCAACCACCATTCGAGCAGCTGAGGACCGGACGAGATGGAAACAGCTCACGAGACAGGCAACGGTCAAGTTTCAGGGACACGACCTTCAGCAATGA

Protein

MVRVNDVISGPFKPEKGVRQGCILSPILFNVYGEYVMRKALEDWEGGISVGGIKISNLRYADDTTLFASSEKELADLFRRVEYESSLVGLSVNKSKTKVMIVDRTSQLSRTGELSDLEFVSEFIYLGSLLTDRGGSEGEIRRRTQMAKTAMTKLKRIWQNRKVSNVTKMRLVRTLVFSIFLYGAESWTIKASERKKINAFEMWCWRRMLRIPWTAKRTNKSILDQLRIRVRLSTICYQRILSYFGHIARRQSDNLDKVIVTGKVEGKRPRGRLPSRWCDQVTALTGLPVATTIRAAEDRTRWKQLTRQATVKFQGHDLQQ

Uniprot

D7F161   D7F163   D7F168   D7F172   A0A3S2L0R7   A0A2W1BGD9   + More
D7F167   D5LB39   D7F162   D7F175   A0A2G8JE23   A0A2H1VU13   A0A402E714   A0A402ELI2   A0A402ETA8   A0A402F8Q6   A0A402EWW2   A0A402EU50   A0A402F971   A0A402F3F5   A0A402EWZ2   A0A402ECQ6   A0A402FRB1   A0A402EYG3   A0A402EPJ2   A0A402EWK5   A0A402EL59   A0A402EV46   A0A402E7S7   A0A402ESY2   A0A402EQ09   A0A402F4J0   A0A402ET45   A0A402F382   A0A402FAF7   A0A402EU33   A0A402EBJ8   A0A402F1W2   A0A402F4T1   A0A402F693   A0A402E7T0   A0A402F6F8   A0A402EWV0   A0A402E871   A0A402F7I8   A0A402EL35   A0A402EWK9   A0A402E7N2   A0A402E7Z5   A0A402EUK1   A0A402EST4   A0A402EWI8   A0A402F9T4   A0A402E825   A0A402ELM7   A0A402EWF6   A0A402E5M8   A0A402EH83   A0A402EKC4   A0A402EB12   A0A402FC20   A0A402E768   A0A402FAG4   A0A402ET04   W5NMM5   A0A402E7R7   A0A402F4E6   A0A402EBP1   A0A402ECS2   A0A402F9A7   A0A402EZW9   A0A402EKB1   A0A402EWU2   A0A402F406   A0A402EWP9   A0A402EBC2   A0A402EBI2   A0A402EEU1   A0A402ET28   A0A402EKM3   A0A402EVG7   A0A402F9C1   A0A402F637   A0A402EWI9   A0A402FFI9   A0A402E7Q0   A0A402F575   A0A3Q1MCX3   A0A402EZF7   A0A402F125   A0A402EKK1   A0A402F3Q6   A0A443QYR6   A0A402EPZ2   A0A402EW63   A0A402EWN2   A0A402EXG4   A0A402ER19   A0A402EZ49   A0A402F3F3  

Pubmed

20470440    28756777    29023486    19393038   

EMBL

FJ265546    ADI61814.1    FJ265548    ADI61816.1    FJ265553    ADI61821.1    + More
FJ265557    ADI61825.1    RSAL01000289    RVE42931.1    KZ150203    PZC72267.1    FJ265552    ADI61820.1    GU815090    ADF18553.1    FJ265547    ADI61815.1    FJ265560    ADI61828.1    MRZV01002322    PIK33998.1    ODYU01004401    SOQ44236.1    BDOT01000002    GCF39995.1    BDOT01000022    GCF45060.1    BDOT01000039    GCF47371.1    BDOT01000143    GCF52806.1    BDOT01000054    GCF48637.1    BDOT01000043    GCF47717.1    BDOT01000149    GCF53002.1    BDOT01000089    GCF50820.1    BDOT01000015    BDOT01000055    BDOT01000148    GCF44364.1    GCF48654.1    GCF52988.1    BDOT01000006    GCF41961.1    BDOT01000474    GCF58974.1    BDOT01000062    GCF49174.1    BDOT01000028    GCF46132.1    GCF48602.1    BDOT01000020    GCF44935.1    BDOT01000048    GCF48010.1    GCF40256.1    GCF47356.1    BDOT01000029    GCF46280.1    BDOT01000104    GCF51438.1    GCF47377.1    BDOT01000090    GCF50913.1    BDOT01000165    GCF53438.1    GCF47708.1    BDOT01000005    GCF41553.1    BDOT01000083    GCF50492.1    BDOT01000105    GCF51451.1    BDOT01000112    GCF51757.1    GCF40240.1    BDOT01000116    GCF51880.1    BDOT01000056    GCF48705.1    GCF40380.1    BDOT01000130    GCF52369.1    GCF44897.1    GCF48608.1    GCF40190.1    GCF40308.1    BDOT01000045    GCF47820.1    BDOT01000038    GCF47275.1    GCF48559.1    BDOT01000156    GCF53186.1    GCF40355.1    GCF45061.1    BDOT01000053    GCF48546.1    BDOT01000001    GCF39495.1    BDOT01000011    GCF43541.1    BDOT01000017    GCF44634.1    GCF41419.1    BDOT01000183    GCF53956.1    GCF39993.1    GCF53431.1    GCF47332.1    AHAT01022938    GCF40259.1    BDOT01000101    GCF51279.1    GCF41584.1    GCF41910.1    BDOT01000150    GCF53030.1    BDOT01000069    GCF49674.1    GCF44637.1    GCF48696.1    BDOT01000094    GCF51020.1    GCF48631.1    GCF41464.1    GCF41524.1    BDOT01000008    GCF42705.1    GCF47373.1    BDOT01000018    GCF44752.1    BDOT01000049    GCF48208.1    GCF53027.1    BDOT01000115    GCF51869.1    GCF48586.1    BDOT01000229    GCF55077.1    GCF40210.1    GCF51450.1    BDOT01000067    GCF49527.1    BDOT01000077    GCF50202.1    GCF44732.1    GCF51029.1    NCKU01003098    RWS08177.1    GCF46285.1    BDOT01000052    GCF48451.1    GCF48632.1    BDOT01000059    GCF48922.1    BDOT01000031    GCF46561.1    GCF49532.1    GCF50924.1   

Proteomes

UP000283053    UP000230750    UP000288954    UP000018468    UP000009136    UP000285301    + More

PRIDE

D7F161    D7F163    D7F168    D7F172    D7F167    D5LB39    + More
D7F162    D7F175   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2
PF03372   Exo_endo_phos
PF00168   C2
PF01388   ARID
PF02375   JmjN
PF02373   JmjC
PF02928   zf-C5HC2

Interpro

IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase        + More
IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf       
IPR000477   RT_dom       
IPR002138   Pept_C14_p10       
IPR016024   ARM-type_fold       
IPR017956   AT_hook_DNA-bd_motif       
IPR039776   Pds5       
IPR035892   C2_domain_sf       
IPR000008   C2_dom       
IPR030431   FAM189       
IPR003349   JmjN       
IPR001606   ARID_dom       
IPR004198   Znf_C5HC2       
IPR036431   ARID_dom_sf       
IPR003347   JmjC_dom       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219        + More
SSF48371   SSF48371       
SSF46774   SSF46774       

Gene 3D

3.60.10.10     2.60.40.150     1.10.150.60    

ProteinModelPortal

D7F161   D7F163   D7F168   D7F172   A0A3S2L0R7   A0A2W1BGD9   + More
D7F167   D5LB39   D7F162   D7F175   A0A2G8JE23   A0A2H1VU13   A0A402E714   A0A402ELI2   A0A402ETA8   A0A402F8Q6   A0A402EWW2   A0A402EU50   A0A402F971   A0A402F3F5   A0A402EWZ2   A0A402ECQ6   A0A402FRB1   A0A402EYG3   A0A402EPJ2   A0A402EWK5   A0A402EL59   A0A402EV46   A0A402E7S7   A0A402ESY2   A0A402EQ09   A0A402F4J0   A0A402ET45   A0A402F382   A0A402FAF7   A0A402EU33   A0A402EBJ8   A0A402F1W2   A0A402F4T1   A0A402F693   A0A402E7T0   A0A402F6F8   A0A402EWV0   A0A402E871   A0A402F7I8   A0A402EL35   A0A402EWK9   A0A402E7N2   A0A402E7Z5   A0A402EUK1   A0A402EST4   A0A402EWI8   A0A402F9T4   A0A402E825   A0A402ELM7   A0A402EWF6   A0A402E5M8   A0A402EH83   A0A402EKC4   A0A402EB12   A0A402FC20   A0A402E768   A0A402FAG4   A0A402ET04   W5NMM5   A0A402E7R7   A0A402F4E6   A0A402EBP1   A0A402ECS2   A0A402F9A7   A0A402EZW9   A0A402EKB1   A0A402EWU2   A0A402F406   A0A402EWP9   A0A402EBC2   A0A402EBI2   A0A402EEU1   A0A402ET28   A0A402EKM3   A0A402EVG7   A0A402F9C1   A0A402F637   A0A402EWI9   A0A402FFI9   A0A402E7Q0   A0A402F575   A0A3Q1MCX3   A0A402EZF7   A0A402F125   A0A402EKK1   A0A402F3Q6   A0A443QYR6   A0A402EPZ2   A0A402EW63   A0A402EWN2   A0A402EXG4   A0A402ER19   A0A402EZ49   A0A402F3F3  

KEGG

105841694    no KO assigned | (RefSeq) craniofacial development protein 2-like

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0004197   GO:0016021  

PANTHER

PTHR12663   PTHR17615  

Subcellular location

Nucleus  

Length:

320

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

1.80291

Exp number, first 60 AAs:

0.0490300000000001

Total prob of N-in:

0.11063

outside

1  -  320

 

 

Pi

201.663839

Theta

112.73454

Tajima's D

2.75681

CLR

0.362364

CSRT

0.96395180240988

Interpretation

Uncertain