Gene

KWMTBOMO07959

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr13(+):11197200-11197783      View in EpiBrowser

Location in the cell

Mitochondrial   Reliability : 2.435

CDS

ATGGACCGTGTTTGGGCGGACAGAAACATCTCGAGGAATACCAAAAAGCAGCTCGTCACCTCCCTTGTCTTTTCCATTTTTCTCTACGGCGCAGAGACTTGGACCCTCAAGAAAGCCGACCGCCAACGCATCGACGCGTTTGAGATGTGGTGCTGGAGGAAAATGCTCGGGATTCGTTGGACAGAACACAGAACCAACGAATCCATTCTTACCAAGCTCAAGATTCCAATGCGCCTCAGCACTACATGCGCGCGGAGGAGTTTCGAGATCTTTGGACATATCGCCAGAAAGAGAGGTGACAATCTGGAAAAGCTGCTGGTAACAGGCAAGGTATGCGGGAGAAGACATAGAGGCAGAAATCCAATGCGCTGGTCGGACCAAATACGCTCCACTCTCAATACCTCATTCCACGTTGCTATCCACACAGCCGAGGACAGGCAGGAATGGTGCAAGATGATGCAGGAGAAAGCTATTAGAGGAGGCCACGACCCTCAGCACTGA

Protein

MDRVWADRNISRNTKKQLVTSLVFSIFLYGAETWTLKKADRQRIDAFEMWCWRKMLGIRWTEHRTNESILTKLKIPMRLSTTCARRSFEIFGHIARKRGDNLEKLLVTGKVCGRRHRGRNPMRWSDQIRSTLNTSFHVAIHTAEDRQEWCKMMQEKAIRGGHDPQH

Uniprot

A0A2H1VNK5   A0A2H1V742   A0A2H1VU13   D7F163   D7F172   D7F161   + More
A0A3S2L0R7   D7F168   D7F162   D7F167   D7F175   D5LB39   A0A2W1BGD9   D7F174   A0A2G8LJK7   A0A2G8K796   A0A2G8JE23   H2YWZ6   A0A2G8JVA1   H2YWZ5   A0A2G8L6P4   A0A2G8JVI4   A0A2G8K183   A0A3S3NR17   A0A3S3RLW1   A0A2G8K327   A0A3Q1MCX3   A0A2G8KTJ4   A0A3Q1LT03   W5NMM5   X1D4L4   A0A085LZ21   A0A3Q1MZC9   A0A3S3P648   A0A3Q1MGA3   A0A3Q1LFQ0   A0A3Q1LLH3   W4Y921   A0A3Q1M4E7   W5NIE2   A0A3Q1LR75   O97916   W5MM77   A0A3Q1NE26   A0A3Q1MJR3   F6R5D0   A0A3Q1M7G0   W4YPU3   A0A3Q1MJK8   A0A3Q1M4J9   A0A3Q1M2T8   A0A3Q1MFU8   A0A3Q1MJZ2   A0A3Q1MXT5   A0A3Q1MI63   A0A3Q1MNS1   A0A3Q1MIT2   A0A3Q1MQ02   A0A3Q1MN71   A0A3Q1LQN1   A0A3Q1MMS2   A0A3Q1LUA6   A0A3Q1MHE1   A0A3Q1LNR9   A0A3Q1MDY8   J9LZK0   A0A3Q1NB85   X1WK45   A0A3S1HJZ0   A0A3Q1LRK8   A0A3Q1N9K5   A0A3Q1N8A1   A0A2H6KKM9   A0A3Q1LNZ2   A0A3Q1MMW6   A0A3Q1M6Y4   A0A3Q1N3Y9   W5MXL2   A0A023G885   A0A085NA37   A0A3Q1NFA5   A0A3Q1NE48   W4XFH1   A0A3Q1MLV4   A0A3Q1LWU3   A0A2W1BSS7   A0A3Q1ML90   A0A3Q1LKL4   A0A3Q1MVY4   A0A3Q1LKN4   J9LIJ7   A0A3Q1LGI2   A0A3Q1LT63   A0A067RQM5   A0A3Q1MN00   A0A2S2QAF2  

Pubmed

20470440    28756777    29023486    19393038    24624126    24929829    + More
10555285    29078748    24845553   

EMBL

ODYU01003523    SOQ42419.1    ODYU01001007    SOQ36619.1    ODYU01004401    SOQ44236.1    + More
FJ265548    ADI61816.1    FJ265557    ADI61825.1    FJ265546    ADI61814.1    RSAL01000289    RVE42931.1    FJ265553    ADI61821.1    FJ265547    ADI61815.1    FJ265552    ADI61820.1    FJ265560    ADI61828.1    GU815090    ADF18553.1    KZ150203    PZC72267.1    FJ265559    ADI61827.1    MRZV01000056    PIK60437.1    MRZV01000817    PIK43880.1    MRZV01002322    PIK33998.1    MRZV01001216    PIK39650.1    MRZV01000196    PIK55924.1    MRZV01001207    PIK39730.1    MRZV01000994    PIK41715.1    NCKU01012182    RWS00163.1    NCKU01008836    RWS01655.1    MRZV01000940    PIK42365.1    MRZV01000378    PIK51329.1    AHAT01022938    BART01031562    GAH15691.1    KL363256    KL367985    KFD50217.1    KFD59415.1    NCKU01004395    RWS06003.1    AAGJ04161766    AHAT01009145    AJ132772    CAA10770.1    AHAT01015286    AAGJ04055194    ABLF02042206    ABLF02024992    ABLF02024994    ABLF02025002    ABLF02043975    RQTK01000360    RUS81011.1    BDSA01000081    GBE63537.1    AHAT01017596    GBBM01006298    JAC29120.1    KL363266    KL367526    KFD49675.1    KFD66333.1    AAGJ04075245    KZ149985    PZC75696.1    ABLF02012409    ABLF02012412    KK852482    KDR22935.1    GGMS01004979    MBY74182.1   

Proteomes

UP000283053    UP000230750    UP000007875    UP000285301    UP000009136    UP000018468    + More
UP000007110    UP000007819    UP000271974    UP000027135   

PRIDE

D7F163    D7F172    D7F161    D7F168    D7F162    D7F167    + More
D7F175    D5LB39    D7F174   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2
PF03221   HTH_Tnp_Tc5
PF04218   CENP-B_N

Interpro

IPR000477   RT_dom        + More
IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf       
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR002138   Pept_C14_p10       
IPR006600   HTH_CenpB_DNA-bd_dom       
IPR007889   HTH_Psq       
IPR009057   Homeobox-like_sf       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219        + More
SSF46689   SSF46689       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

A0A2H1VNK5   A0A2H1V742   A0A2H1VU13   D7F163   D7F172   D7F161   + More
A0A3S2L0R7   D7F168   D7F162   D7F167   D7F175   D5LB39   A0A2W1BGD9   D7F174   A0A2G8LJK7   A0A2G8K796   A0A2G8JE23   H2YWZ6   A0A2G8JVA1   H2YWZ5   A0A2G8L6P4   A0A2G8JVI4   A0A2G8K183   A0A3S3NR17   A0A3S3RLW1   A0A2G8K327   A0A3Q1MCX3   A0A2G8KTJ4   A0A3Q1LT03   W5NMM5   X1D4L4   A0A085LZ21   A0A3Q1MZC9   A0A3S3P648   A0A3Q1MGA3   A0A3Q1LFQ0   A0A3Q1LLH3   W4Y921   A0A3Q1M4E7   W5NIE2   A0A3Q1LR75   O97916   W5MM77   A0A3Q1NE26   A0A3Q1MJR3   F6R5D0   A0A3Q1M7G0   W4YPU3   A0A3Q1MJK8   A0A3Q1M4J9   A0A3Q1M2T8   A0A3Q1MFU8   A0A3Q1MJZ2   A0A3Q1MXT5   A0A3Q1MI63   A0A3Q1MNS1   A0A3Q1MIT2   A0A3Q1MQ02   A0A3Q1MN71   A0A3Q1LQN1   A0A3Q1MMS2   A0A3Q1LUA6   A0A3Q1MHE1   A0A3Q1LNR9   A0A3Q1MDY8   J9LZK0   A0A3Q1NB85   X1WK45   A0A3S1HJZ0   A0A3Q1LRK8   A0A3Q1N9K5   A0A3Q1N8A1   A0A2H6KKM9   A0A3Q1LNZ2   A0A3Q1MMW6   A0A3Q1M6Y4   A0A3Q1N3Y9   W5MXL2   A0A023G885   A0A085NA37   A0A3Q1NFA5   A0A3Q1NE48   W4XFH1   A0A3Q1MLV4   A0A3Q1LWU3   A0A2W1BSS7   A0A3Q1ML90   A0A3Q1LKL4   A0A3Q1MVY4   A0A3Q1LKN4   J9LIJ7   A0A3Q1LGI2   A0A3Q1LT63   A0A067RQM5   A0A3Q1MN00   A0A2S2QAF2  

KEGG

105842294    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC105842294

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0016021   GO:0004197   GO:0003677  

Length:

166

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

8.83407999999999

Exp number, first 60 AAs:

8.8339

Total prob of N-in:

0.66132

outside

1  -  166

 

 

Pi

354.509312

Theta

154.182042

Tajima's D

3.994298

CLR

0

CSRT

0.999200039998

Interpretation

Uncertain