Gene

KWMTBOMO06256

Pre Gene Modal

BGIBMGA001628

Annotation

PREDICTED:_zinc_finger_protein_484-like_isoform_X2_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr11(-):3404261-3407335      View in EpiBrowser

Full name

Zinc finger protein      

Transcription factor

zf-C2H2

Location in the cell

Nuclear   Reliability : 4.437

CDS

ATGTCGCAAGATGGTCCCATTGTTTTCGTGGATGTAGCTACTGAATACAAAAATGTATATACACCCGAAGAACCTGTTACGGAAACAGTAGCCGTCCAGAACAACACCAATACGAGTAGCATCCAGAATTTCAAGTGTAATGAGTGCAATAGAACCGTAGACAGTGAAGAGAAATTAAGTCAACACATACGGAGGGCACACCGTGGAGAAAATGCTTTTCAATGCTCGATGTGTCAATACTCGACATACAATAAAAGTGGATTCGAAGAACATGTTAGGATACATCAAGGTATAAAACCATTTAAATGCTCCTACTGCCCTTATAGGAGCGTTTCGAAGAAATACGCCAAGAAGCACGAACTGATCCACCGGCCCGATAACCCGTTGAGATGTCAGCACTGTCCTTACATAGCGCGGAACTATCGCATGTTGAATTCCCACCAGAAGAAGTTGCACAGCAACGAGAAACAACGGGTTATCATCGCGTGCACGTTGTGCGGGAAGAAATTCGACGATATGAACGTTTATTTCGCTCACAAGAAACGCAGGAAGCAGTGTGATGAGTGCGGTCTAGAGGTTTGTCATCAGGCGATGAACAGGCACAAACACGAGAAACACGGCGTGAAAAGAAAAGTTCGCGGCAAAGACGTTTTCACATGTAAAATATGCGAATGGTCTTCGGTAAATAAAGTTAAGGTTTTGTTGCACATCATTCATCACCCCGAACAGGATTTGAGCGATTGCAGTTTCGATTTGAGCGTTCTGAAGAAATGTCAAATTTTGCCGCCATAA

Protein

MSQDGPIVFVDVATEYKNVYTPEEPVTETVAVQNNTNTSSIQNFKCNECNRTVDSEEKLSQHIRRAHRGENAFQCSMCQYSTYNKSGFEEHVRIHQGIKPFKCSYCPYRSVSKKYAKKHELIHRPDNPLRCQHCPYIARNYRMLNSHQKKLHSNEKQRVIIACTLCGKKFDDMNVYFAHKKRRKQCDECGLEVCHQAMNRHKHEKHGVKRKVRGKDVFTCKICEWSSVNKVKVLLHIIHHPEQDLSDCSFDLSVLKKCQILPP

Uniprot

A0A2W1BKI9   A0A2A4JNM4   A0A2H1V402   A0A212F495   A0A194Q5W1   I4DPB5   + More
A0A1B6CRV2   T1HYQ4   C3XWY4   C3XWX7   A0A023F763   C3XWZ5   C3YHN1   A0A146QN68   C3YTR5   H0WF80   A0A3B5L068   A0A3Q2PT12   C3ZSM4   A0A146QMY2   C3Z011   A0A146PI22   A0A3Q2ZDK0   A0A146STC1   A0A224XSR3   C3YHK2   C3XWY0   C3YM59   H2M5V8   C3YHP7   C3YMG2   Q07G26   C3YQQ7   C3YHR1   G1LK80   T1ICU5   C3YHM9   A0A087XJR5   C3ZP01   C3YHJ9   A0A146Q5F9   C3YHK4   C3YHK6   C3ZRA1   A0A087XDY2   C3YFF8   A0A1B6CP67   A0A0L8FHE3   X1WDJ1   C3YQG4   C3XSP6   C3YHJ2   A0A0A9YQJ8   A0A1A8U672   C3YHM6   C3ZY74   C4A0P9   C3ZYL2   C3YHS4   A0A1A8Q847   C3Z094   C3YHK1   C3ZR96   A0A224XLP4   A0A087X5E0   F7FWV4   C3YHY0   A0A0A9WU59   C3YHN4   C3YUM4   C3XWY3   C3ZY39   C3XXA9   C3YZZ2   C3YHM7   C3YHL0   A0A087XPQ2   C3YHK8   C3YHL8   C3YQQ4   C4A0P7   C3ZL42   I3ISW0   C3YNE1   C3YHP4   A0A0K8SYG2   A0A2R9YJN5   A0A2G9RXT3   I3KI16   M7AI09   A0A069DTB1   A0A1S3WGP8  

EC Number

2.1.1.-

Pubmed

28756777    22118469    26354079    22651552    18563158    25474469    + More
23594743    17554307    20010809    25401762    17495919    25186727    23624526    26334808   

EMBL

KZ150084    PZC73797.1    NWSH01000911    PCG73571.1    ODYU01000561    SOQ35529.1    + More
AGBW02010410    OWR48568.1    KQ459463    KPJ00395.1    AK403510    BAM19755.1    GEDC01021201    JAS16097.1    ACPB03021784    GG666471    EEN67244.1    EEN67237.1    GBBI01001678    JAC17034.1    EEN67255.1    GG666514    EEN60018.1    GCES01129116    JAQ57206.1    GG666552    EEN56192.1    BX571813    BX908799    GG666674    EEN44426.1    GCES01129115    JAQ57207.1    GG666567    EEN54070.1    GCES01142804    JAQ43518.1    GCES01102471    JAQ83851.1    GFTR01005263    JAW11163.1    EEN59989.1    EEN67240.1    GG666529    EEN58653.1    EEN60034.1    EEN58756.1    CR848360    CAL49420.1    GG666543    EEN57413.1    EEN60048.1    ACTA01172268    ACPB03016510    EEN60016.1    AYCK01022746    AYCK01022747    GG666654    EEN45736.1    EEN59986.1    GCES01135432    JAQ50890.1    EEN59991.1    EEN59993.1    GG666664    EEN44974.1    AYCK01018735    AYCK01018736    AYCK01018737    GG666509    EEN60921.1    GEDC01022090    GEDC01016829    GEDC01015516    JAS15208.1    JAS20469.1    JAS21782.1    KQ432245    KOF62831.1    CU928013    GG666542    EEN57494.1    GG666459    EEN68967.1    EEN59979.1    GBHO01008282    JAG35322.1    HADY01021620    HAEJ01002624    SBS43081.1    EEN60013.1    GG666722    EEN42505.1    GG666818    EEN41634.1    GG666732    EEN42359.1    EEN60061.1    HAEH01010342    SBR89457.1    GG666568    EEN53942.1    EEN59988.1    EEN44969.1    GFTR01004422    JAW12004.1    AYCK01020751    AYCK01020752    AYCK01020753    AYCK01020754    EEN60117.1    GBHO01043930    GBHO01043929    GBHO01035214    JAF99673.1    JAF99674.1    JAG08390.1    EEN60021.1    GG666554    EEN55925.1    EEN67243.1    GG666721    EEN42521.1    EEN67369.1    EEN54051.1    EEN60014.1    EEN59997.1    AYCK01011382    EEN59995.1    EEN60005.1    EEN57410.1    EEN41632.1    GG666640    EEN46724.1    FP102097    GG666533    EEN58247.1    EEN60031.1    GBRD01007499    GBRD01007498    JAG58323.1    BX649516    KV933395    PIO32021.1    AERX01044840    AERX01044841    AERX01044842    AERX01044843    AERX01044844    KB604988    EMP23954.1    GBGD01002007    JAC86882.1   

Proteomes

UP000218220    UP000007151    UP000053268    UP000015103    UP000001554    UP000000437    + More
UP000261380    UP000265000    UP000264820    UP000001038    UP000008912    UP000028760    UP000053454    UP000002280    UP000005207    UP000031443    UP000079721   

Pfam

PF00096   zf-C2H2        + More
PF09237   GAGA
PF01352   KRAB

Interpro

IPR036236   Znf_C2H2_sf        + More
IPR013087   Znf_C2H2_type       
IPR017114   YY-1-like       
IPR011017   TRASH_dom       
IPR015318   Znf_GAGA-bd_fac       
IPR017125   Znf_PRDM5-like       
IPR036051   KRAB_dom_sf       
IPR001909   KRAB       

SUPFAM

SSF57667   SSF57667        + More
SSF109640   SSF109640       

CDD

cd07765  KRAB_A-box

ProteinModelPortal

A0A2W1BKI9   A0A2A4JNM4   A0A2H1V402   A0A212F495   A0A194Q5W1   I4DPB5   + More
A0A1B6CRV2   T1HYQ4   C3XWY4   C3XWX7   A0A023F763   C3XWZ5   C3YHN1   A0A146QN68   C3YTR5   H0WF80   A0A3B5L068   A0A3Q2PT12   C3ZSM4   A0A146QMY2   C3Z011   A0A146PI22   A0A3Q2ZDK0   A0A146STC1   A0A224XSR3   C3YHK2   C3XWY0   C3YM59   H2M5V8   C3YHP7   C3YMG2   Q07G26   C3YQQ7   C3YHR1   G1LK80   T1ICU5   C3YHM9   A0A087XJR5   C3ZP01   C3YHJ9   A0A146Q5F9   C3YHK4   C3YHK6   C3ZRA1   A0A087XDY2   C3YFF8   A0A1B6CP67   A0A0L8FHE3   X1WDJ1   C3YQG4   C3XSP6   C3YHJ2   A0A0A9YQJ8   A0A1A8U672   C3YHM6   C3ZY74   C4A0P9   C3ZYL2   C3YHS4   A0A1A8Q847   C3Z094   C3YHK1   C3ZR96   A0A224XLP4   A0A087X5E0   F7FWV4   C3YHY0   A0A0A9WU59   C3YHN4   C3YUM4   C3XWY3   C3ZY39   C3XXA9   C3YZZ2   C3YHM7   C3YHL0   A0A087XPQ2   C3YHK8   C3YHL8   C3YQQ4   C4A0P7   C3ZL42   I3ISW0   C3YNE1   C3YHP4   A0A0K8SYG2   A0A2R9YJN5   A0A2G9RXT3   I3KI16   M7AI09   A0A069DTB1   A0A1S3WGP8  

PDB

5UND     E-value=2.53999e-11,     Score=163

KEGG

101744059    no KO assigned | (RefSeq) zinc finger protein 484-like

GO

GO:0003676   GO:0005634   GO:0000981   GO:0040034   GO:0003677   GO:0000976   GO:0046872   GO:0006355   GO:0006378   GO:0016787   GO:0008235   GO:0019538   GO:0030145   GO:0015923   GO:0006260  

Length:

263

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.0002

Exp number, first 60 AAs:

0

Total prob of N-in:

0.01154

outside

1  -  263

 

 

Pi

161.823832

Theta

152.417427

Tajima's D

0.074651

CLR

2.052918

CSRT

0.391080445977701

Interpretation

Uncertain