Gene

KWMTBOMO05820  Validated by peptides from experiments

Pre Gene Modal

BGIBMGA006907

Annotation

isocitrate_dehydrogenase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr10(-):10798440-10802210      View in EpiBrowser

Full name

Isocitrate dehydrogenase [NADP]      

Location in the cell

Cytoplasmic   Reliability : 4.682

CDS

ATGTCTAAAATAAAGGCTGGACCTGTTGTTGACATCCTTGGTGATGAAATGACCAGAATAATCTGGGATCTTATCAAAGAAAAGCTGATTCTTCCTTTCTTGGACATTGAATTACATGTCTACGACTTGGGTATGGAAAATCGTGATAAGACTGATGATCAAGTTACAATTGATTGTGCTGAGGCCATAAAGAAATACAATGTGGGCATCAAATGTGCGACCATAACTCCTGATGAGAAGAGAGTTGAAGAATTTAAACTGAAGAAAATGTGGAAAAGCCCTAATGGGACCATCCGTAATATTCTTGGTGGTACTGTTTTCAGGGAGGCTATTATTTGCAAGAATATACCGAGACTTGTAACAGGGTGGGACAAACCCATCATCATTGGACGTCATGCTCATGCTGATCAATACAAAGCAACTGACTTTGTTGTCCCAGGTGCTGGTACTCTTGAAATAATCTTCAAACCTGAATCTGGTGAGGCAATAAAACATGTAGTTCATGAGTACAAGGGTGCAGGTGTAGCACTGGCTATGTTTAACACTGATGCATCTATTATTGACTTTGCTCATTCTTCATTCAAGTTTGCTTTGGACAGAAAATACCCTCTGTACTTAAGCACTAAGAATACAATTCTCAAGAAATACGATGGTCGTTTCAAAGACATCTTTCAAGATATTTATGACAGGGAGTACAAGAAACAGTTTGAGGATGCTGGTATCTGGTATGAACACAGGCTAATTGATGATATGGTGGCTTATGCTATGAAATCAGAGGGTGGATTTGTCTGGGCCTGCAAAAATTATGATGGAGACGTACAATCTGATAGTGTTGCTCAGGGCTATGGGTCACTGGGCCTCATGACATCTGTTCTCATTTGTCCTGATGGCAAAACAGTTGAGGCTGAAGCTGCCCATGGCACTGTTACACGTCATTTCAGATTCTATCAGCAAGGAAAAGAGACATCCACCAATCCAATTGCTTCAATTTTTGCTTGGACTAGAGGTTTGTTGCATCGTGCTAAATTAGACAACAATGATGCCTTAAAGAACTTTGCTGAGACTCTGGAGAAGGTCTGCATTGAAACTATTGAATCTGGAATTATGACTAAAGACCTTGCCATTTGCATCAAAGGTATGAACAATGTCAAAAGATCAGACTACTATGAAACATTCGAATTCATGGATAAACTAGCCGAAAACCTGAAGGTTGCTCTAGGACAATGA

Protein

MSKIKAGPVVDILGDEMTRIIWDLIKEKLILPFLDIELHVYDLGMENRDKTDDQVTIDCAEAIKKYNVGIKCATITPDEKRVEEFKLKKMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVTGWDKPIIIGRHAHADQYKATDFVVPGAGTLEIIFKPESGEAIKHVVHEYKGAGVALAMFNTDASIIDFAHSSFKFALDRKYPLYLSTKNTILKKYDGRFKDIFQDIYDREYKKQFEDAGIWYEHRLIDDMVAYAMKSEGGFVWACKNYDGDVQSDSVAQGYGSLGLMTSVLICPDGKTVEAEAAHGTVTRHFRFYQQGKETSTNPIASIFAWTRGLLHRAKLDNNDALKNFAETLEKVCIETIESGIMTKDLAICIKGMNNVKRSDYYETFEFMDKLAENLKVALGQ

Catalytic Activity

isocitrate + NADP(+) = 2-oxoglutarate + CO2 + NADPH

Similarity

Belongs to the isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases family.

Uniprot

Q2F681   H9JBL2   A0A2H1WVV4   A0A2A4JR90   A0A3S2NRY6   A0A0L7LLS3   + More
A0A212F0Y6   S4NRX2   I4DJJ5   A0A194QWA6   A0A1B0CTD9   A0A1L8E0K3   A0A1L8E0D2   D6X0W4   A0A0K8TU47   A0A1I8N1J5   A0A1L8EDV4   T1P7N4   A0A1I8P3Z8   A0A0L0CQS9   A0A1L8E9W3   A0A1I8P3X6   A0A1B6GLY1   A0A1Y1MCE9   A0A1B0D371   A0A034VY52   A0A0K8V5S9   A0A034VXI0   A0A0C9RE92   A0A0K8VIU0   A0A0K8UQX7   A0A1W4XI19   A0A0K8UYM3   A0A1B6C244   A0A0A1XSM3   V5GLZ3   A0A0C5CP30   A0A0C5CKF5   A0A2P8ZLT9   A0A0C5CP10   A0A0C5CKC5   A0A0C5CGB8   A0A0C5D1E6   W8BYY5   A0A0C5CNT3   A0A1W5YLL3   A0A0C5CP36   Q1HQW5   A0A0C5CKD6   A0A0C5CKU5   A0A0C5CKG7   A0A0C5CNZ5   A0A0C5D1K8   A0A2S2NE75   A0A0C5D1J6   A0A0C5D1L2   A0A0C5CP33   A0A0C5CP39   A0A0C5CKV9   A0A182H172   A0A0C5CKG6   A0A2J7PE17   A0A0C5CGG5   A0A1Q3FC67   A0A2S2R9R6   A0A2H8TZ88   A0A2R7WYM0   Q09JZ8   A0A0C5QRX3   B0VZM6   A0A1S3DMV7   A0A0C5CP27   A0A2Z5RE48   A0A1A9VYM5   A0A1B0AYA6   B4QLN4   A0A0J9RST1   A0A0J9RRM2   D3TLG3   A0A1A9XWJ2   A0A0A9WI82   A0A1A9WRA5   A0A0J9RR79   A0A0P8XU25   B3M5J6   B4N6D3   B7Z0E0   A0A067QHM4   A0A182PMH2   Q7KUB1   A0A0P9AJT6   E2BBR3   A0A0R1DVD9   Q9VSI6   A0A0J9RRC2   B4PG37   B4HJH5   A0A0R1DV11   V5SKH7   A0A0Q5U2W9  

EC Number

1.1.1.42

Pubmed

19121390    26227816    22118469    23622113    22651552    26354079    + More
18362917    19820115    26369729    25315136    26108605    28004739    25348373    25830018    25470210    29403074    24495485    17204158    17510324    26483478    25702953    26760975    17994087    22936249    20353571    25401762    26823975    18057021    10731132    12537568    12537572    12537573    12537574    16110336    17569856    17569867    24845553    20798317    17550304    26109357    26109356   

EMBL

DQ311191    KM027251    KM027252    ABD36136.1    AIU94620.1    AIU94621.1    + More
BABH01024482    ODYU01011457    SOQ57199.1    NWSH01000730    PCG74547.1    RSAL01000003    RVE54841.1    JTDY01000658    KOB76299.1    AGBW02011011    OWR47392.1    GAIX01014292    JAA78268.1    AK401463    KQ459302    BAM18085.1    KPJ01762.1    KQ461175    KPJ07851.1    AJWK01027438    GFDF01001824    JAV12260.1    GFDF01001896    JAV12188.1    KQ971372    EFA09539.1    GDAI01000128    JAI17475.1    GFDG01001899    JAV16900.1    KA644621    AFP59250.1    JRES01000036    KNC34713.1    GFDG01003229    JAV15570.1    GECZ01006426    JAS63343.1    GEZM01037003    GEZM01037002    JAV82270.1    AJVK01023348    AJVK01023349    AJVK01023350    AJVK01023351    GAKP01012162    GAKP01012161    JAC46790.1    GDHF01018042    JAI34272.1    GAKP01012160    JAC46792.1    GBYB01011477    JAG81244.1    GDHF01027592    GDHF01016721    GDHF01013834    JAI24722.1    JAI35593.1    JAI38480.1    GDHF01023594    JAI28720.1    GDHF01020874    JAI31440.1    GEDC01029712    JAS07586.1    GBXI01014999    GBXI01000271    JAC99292.1    JAD14021.1    GALX01003372    JAB65094.1    KJ371291    AJO53481.1    KJ371290    AJO53480.1    PYGN01000020    PSN57464.1    KJ371266    AJO53456.1    KJ371166    KJ371167    KJ371168    KJ371169    KJ371170    KJ371171    KJ371172    KJ371173    KJ371174    KJ371175    KJ371176    KJ371177    KJ371178    KJ371179    KJ371180    KJ371181    KJ371182    KJ371183    KJ371184    KJ371185    KJ371186    KJ371187    KJ371188    KJ371190    KJ371191    KJ371192    KJ371194    KJ371195    KJ371196    KJ371198    KJ371199    KJ371200    KJ371201    KJ371202    KJ371203    KJ371204    KJ371205    KJ371207    KJ371208    KJ371209    KJ371210    KJ371211    KJ371212    KJ371213    KJ371214    KJ371215    KJ371216    KJ371217    KJ371218    KJ371219    KJ371220    KJ371221    KJ371222    KJ371224    KJ371225    KJ371226    KJ371227    KJ371228    KJ371229    KJ371230    KJ371231    KJ371232    KJ371234    KJ371235    KJ371237    KJ371240    KJ371242    KJ371243    KJ371244    KJ371245    KJ371246    KJ371247    KJ371248    KJ371249    KJ371250    KJ371251    KJ371252    KJ371253    KJ371254    KJ371255    KJ371256    KJ371257    KJ371258    KJ371259    KJ371260    KJ371261    KJ371262    KJ371263    KJ371264    KJ371265    KJ371267    KJ371268    KJ371269    KJ371271    KJ371272    KJ371273    KJ371274    KJ371275    KJ371276    KJ371277    KJ371278    KJ371279    KJ371280    KJ371281    KJ371282    KJ371283    KJ371284    KJ371285    AJO53356.1    AJO53357.1    AJO53358.1    AJO53359.1    AJO53360.1    AJO53361.1    AJO53362.1    AJO53363.1    AJO53364.1    AJO53365.1    AJO53366.1    AJO53367.1    AJO53368.1    AJO53369.1    AJO53370.1    AJO53371.1    AJO53372.1    AJO53373.1    AJO53374.1    AJO53375.1    AJO53376.1    AJO53377.1    AJO53378.1    AJO53380.1    AJO53381.1    AJO53382.1    AJO53384.1    AJO53385.1    AJO53386.1    AJO53388.1    AJO53389.1    AJO53390.1    AJO53391.1    AJO53392.1    AJO53393.1    AJO53394.1    AJO53395.1    AJO53397.1    AJO53398.1    AJO53399.1    AJO53400.1    AJO53401.1    AJO53402.1    AJO53403.1    AJO53404.1    AJO53405.1    AJO53406.1    AJO53407.1    AJO53408.1    AJO53409.1    AJO53410.1    AJO53411.1    AJO53412.1    AJO53414.1    AJO53415.1    AJO53416.1    AJO53417.1    AJO53418.1    AJO53419.1    AJO53420.1    AJO53421.1    AJO53422.1    AJO53424.1    AJO53425.1    AJO53427.1    AJO53430.1    AJO53432.1    AJO53433.1    AJO53434.1    AJO53435.1    AJO53436.1    AJO53437.1    AJO53438.1    AJO53439.1    AJO53440.1    AJO53441.1    AJO53442.1    AJO53443.1    AJO53444.1    AJO53445.1    AJO53446.1    AJO53447.1    AJO53448.1    AJO53449.1    AJO53450.1    AJO53451.1    AJO53452.1    AJO53453.1    AJO53454.1    AJO53455.1    AJO53457.1    AJO53458.1    AJO53459.1    AJO53461.1    AJO53462.1    AJO53463.1    AJO53464.1    AJO53465.1    AJO53466.1    AJO53467.1    AJO53468.1    AJO53469.1    AJO53470.1    AJO53471.1    AJO53472.1    AJO53473.1    AJO53474.1    AJO53475.1    KJ371238    KJ371239    AJO53428.1    AJO53429.1    KJ371223    AJO53413.1    GAMC01004653    GAMC01004652    JAC01904.1    KJ371206    KJ371233    KJ371236    AJO53396.1    AJO53423.1    AJO53426.1    KX147675    ARI45079.1    KJ371300    KJ371301    AJO53490.1    AJO53491.1    DQ440329    CH477200    ABF18362.1    EAT48221.1    KJ371270    AJO53460.1    KJ371297    KJ371299    AJO53487.1    AJO53489.1    KJ371189    KJ371193    KJ371197    AJO53379.1    AJO53383.1    AJO53387.1    KJ371241    AJO53431.1    KJ371308    KJ371309    KJ371310    KJ371311    AJO53498.1    AJO53499.1    AJO53500.1    AJO53501.1    GGMR01002457    MBY15076.1    KJ371292    KJ371293    KJ371294    KJ371295    AJO53482.1    AJO53483.1    AJO53484.1    AJO53485.1    KJ371313    KJ371315    AJO53503.1    AJO53505.1    KJ371296    KJ371298    AJO53486.1    AJO53488.1    KJ371302    KJ371303    KJ371304    KJ371306    AJO53492.1    AJO53493.1    AJO53494.1    AJO53496.1    KJ371312    KJ371314    AJO53502.1    AJO53504.1    JXUM01023082    JXUM01023083    JXUM01023084    JXUM01023085    JXUM01023086    JXUM01023087    KJ371305    KJ371307    AJO53495.1    AJO53497.1    NEVH01026112    PNF14576.1    KJ371288    KJ371289    AJO53478.1    AJO53479.1    GFDL01009943    JAV25102.1    GGMS01017491    MBY86694.1    GFXV01006673    MBW18478.1    KK856012    PTY24634.1    DQ886272    ABI52605.1    KM609496    AJQ30120.1    DS231814    EDS31763.1    KJ371286    KJ371287    AJO53476.1    AJO53477.1    FX983735    BAX07234.1    JXJN01005583    CM000363    EDX09694.1    CM002912    KMY98364.1    KMY98367.1    EZ422265    ADD18541.1    GBHO01037376    GBHO01037375    GBRD01009773    GDHC01019273    GDHC01003736    JAG06228.1    JAG06229.1    JAG56051.1    JAP99355.1    JAQ14893.1    KMY98366.1    CH902618    KPU78103.1    EDV39606.2    CH964154    EDW79922.2    AE014296    ACL83265.2    KK853393    KDR07905.1    AAF50434.1    KPU78101.1    GL447151    EFN86839.1    CM000159    KRK01013.1    AY047505    AAF50433.1    AAK77237.1    KMY98363.1    EDW93181.1    CH480815    EDW40699.1    KRK01014.1    KF647631    AHB50493.1    CH954178    KQS43455.1   

Proteomes

UP000005204    UP000218220    UP000283053    UP000037510    UP000007151    UP000053268    + More
UP000053240    UP000092461    UP000007266    UP000095301    UP000095300    UP000037069    UP000092462    UP000192223    UP000245037    UP000008820    UP000069940    UP000235965    UP000002320    UP000079169    UP000078200    UP000092460    UP000000304    UP000092443    UP000091820    UP000007801    UP000007798    UP000000803    UP000027135    UP000075885    UP000008237    UP000002282    UP000001292    UP000008711   

PRIDE

Q2F681    H9JBL2    B7Z0E0    Q7KUB1    Q9VSI6   

Pfam

PF00180   Iso_dh        + More
PF03803   Scramblase

Interpro

IPR019818   IsoCit/isopropylmalate_DH_CS        + More
IPR004790   Isocitrate_DH_NADP       
IPR024084   IsoPropMal-DH-like_dom       
IPR005552   Scramblase       

ProteinModelPortal

Q2F681   H9JBL2   A0A2H1WVV4   A0A2A4JR90   A0A3S2NRY6   A0A0L7LLS3   + More
A0A212F0Y6   S4NRX2   I4DJJ5   A0A194QWA6   A0A1B0CTD9   A0A1L8E0K3   A0A1L8E0D2   D6X0W4   A0A0K8TU47   A0A1I8N1J5   A0A1L8EDV4   T1P7N4   A0A1I8P3Z8   A0A0L0CQS9   A0A1L8E9W3   A0A1I8P3X6   A0A1B6GLY1   A0A1Y1MCE9   A0A1B0D371   A0A034VY52   A0A0K8V5S9   A0A034VXI0   A0A0C9RE92   A0A0K8VIU0   A0A0K8UQX7   A0A1W4XI19   A0A0K8UYM3   A0A1B6C244   A0A0A1XSM3   V5GLZ3   A0A0C5CP30   A0A0C5CKF5   A0A2P8ZLT9   A0A0C5CP10   A0A0C5CKC5   A0A0C5CGB8   A0A0C5D1E6   W8BYY5   A0A0C5CNT3   A0A1W5YLL3   A0A0C5CP36   Q1HQW5   A0A0C5CKD6   A0A0C5CKU5   A0A0C5CKG7   A0A0C5CNZ5   A0A0C5D1K8   A0A2S2NE75   A0A0C5D1J6   A0A0C5D1L2   A0A0C5CP33   A0A0C5CP39   A0A0C5CKV9   A0A182H172   A0A0C5CKG6   A0A2J7PE17   A0A0C5CGG5   A0A1Q3FC67   A0A2S2R9R6   A0A2H8TZ88   A0A2R7WYM0   Q09JZ8   A0A0C5QRX3   B0VZM6   A0A1S3DMV7   A0A0C5CP27   A0A2Z5RE48   A0A1A9VYM5   A0A1B0AYA6   B4QLN4   A0A0J9RST1   A0A0J9RRM2   D3TLG3   A0A1A9XWJ2   A0A0A9WI82   A0A1A9WRA5   A0A0J9RR79   A0A0P8XU25   B3M5J6   B4N6D3   B7Z0E0   A0A067QHM4   A0A182PMH2   Q7KUB1   A0A0P9AJT6   E2BBR3   A0A0R1DVD9   Q9VSI6   A0A0J9RRC2   B4PG37   B4HJH5   A0A0R1DV11   V5SKH7   A0A0Q5U2W9  

PDB

5YZI     E-value=0,     Score=1719

KEGG

692823    K00031 isocitrate dehydrogenase [EC:1.1.1.42] | (RefSeq) IDH; isocitrate dehydrogenase

PATHWAY

00020    Citrate cycle (TCA cycle) - Bombyx mori (domestic silkworm)
00480    Glutathione metabolism - Bombyx mori (domestic silkworm)
01100    Metabolic pathways - Bombyx mori (domestic silkworm)
01200    Carbon metabolism - Bombyx mori (domestic silkworm)
01210    2-Oxocarboxylic acid metabolism - Bombyx mori (domestic silkworm)
01230    Biosynthesis of amino acids - Bombyx mori (domestic silkworm)
04146    Peroxisome - Bombyx mori (domestic silkworm)

GO

GO:0006099   GO:0004450   GO:0006102   GO:0000287   GO:0051287   GO:0046872   GO:0006739   GO:0005739   GO:0005829   GO:0005777   GO:0034599   GO:0005737   GO:0055114   GO:0004448   GO:0016616   GO:0005216   GO:0006811   GO:0006541   GO:0016812   GO:0016597  

PANTHER

PTHR11822  

Length:

408

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.01489

Exp number, first 60 AAs:

0.00049

Total prob of N-in:

0.00728

outside

1  -  408

 

 

Pi

185.356586

Theta

176.001084

Tajima's D

0.203353

CLR

0

CSRT

0.426578671066447

Interpretation

Uncertain