Gene

KWMTBOMO05173

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr9(-):9783544-9784027      View in EpiBrowser

Location in the cell

Cytoplasmic   Reliability : 1.128 Mitochondrial   Reliability : 1.444 Nuclear   Reliability : 1.431

CDS

ATGCTGATGTGGCTGTGCGGCGTGACTAGGCTCGATACAATCCGCAACGAGTACGTGCGTGGAAGCCTCGGTGTACGGGACATCGCCGACAAGATGCAGGAGAGTAGGCTGAGATGGTATGGTCACGTGAAAAGGAAGCCGCCTGACTACGTCGGAAATTCGGCGCTACTGCTCGACCTCCCCGGTCGAAGACCTAGAGGTAAACCCAAGACAAGTTGGAAGGACGTAGTGCTGAAGGACAAGAGAGAATGCAATGTTGCTGACGAGGATGTCGAAGACAGAGCGAAATGGAGGAGTAAAGTGAGGAAAGCTGACCCCGCCACCATGTGGGATAAATAG

Protein

MLMWLCGVTRLDTIRNEYVRGSLGVRDIADKMQESRLRWYGHVKRKPPDYVGNSALLLDLPGRRPRGKPKTSWKDVVLKDKRECNVADEDVEDRAKWRSKVRKADPATMWDK

Uniprot

D7F169   C6Y4D5   A0A0N1IQB7   A0A194Q8G8   A0A183GRR2   A0A3P8EVF0   + More
A0A0C2FK24   A0A183GFE8   A0A3P8FJ37   A0A194QYH6   A0A016W910   A0A016TSY7   A0A016TKX6   A0A016TQJ7   A0A183GTH1   A0A3P8IIS2   A0A016TK27   A0A016WHD5   A0A016TLV5   A0A0N4WFX2   A0A183GPJ0   A0A3P8EHQ4   A0A183FHA3   A0A3P8B2S9   A0A183GPX7   A0A3P8D6Y9   A0A183GGD8   A0A3P8D1Q5   A0A2G9U5Q2   A0A016UC76   A0A183FY09   A0A3P8AX44   A0A2G9U478   A0A016V285   A0A016VVS4   A0A016T5F5   A0A2G9UJN8   A0A183FST0   A0A3P7YGU6   A0A183GMR5   A0A3P8H639   A0A183F922   A0A3P7UY11   A0A183FRG3   A0A3P8CJY9   A0A3B3HQB6   A0A183FXH7   A0A3P7Z2B4   W6NHB7   A0A183FT77   A0A3P8AAR6   A0A3P9K1J1   A0A016UI69   A0A3P9MAU2   A0A183F5X8   A0A3P7U6S8   W6NCE6   A0A016VQL7   W6NPY2   A0A183FVH1   A0A3P7YVX3   A0A016RTP4   A0A016WFX2   W6NHZ4   A0A016VS97   A0A183FRJ0   A0A3P8CAH6   A0A016THU0   A0A183FUR9   A0A3P7YQT3   A0A3B3HFD6   W6NDS5   W6NRE4   A0A3P9M3G7   A0A183GD02   A0A3P8AUP2   A0A183FDM4   A0A3P7XRG8   H2MG20   A0A183GWJ2   A0A3P8G0W9   A0A183FHI6   A0A3P7Y445   A0A3P9I3Z4   A0A3P9JAC7   A0A183FJN9   A0A3P7Z295   A0A3P9JDN6   A0A3B3HJS0   A0A183G4Y0   A0A3P8EHC7   A0A3P9LFI3   A0A3B3CTC7   A0A3B3HPC7   A0A3P9K4Q4   A0A016V9U6   A0A3B3IM62   A0A016UE98  

Pubmed

20470440    26354079    25730766    17554307    29451363   

EMBL

FJ265554    ADI61822.1    CU462842    CBA11992.1    LADI01004707    KPJ20598.1    + More
KQ459564    KPI99700.1    UZAH01037814    VDP50908.1    KN768094    KIH47114.1    UZAH01032715    VDP23439.1    KQ461154    KPJ08631.1    JARK01000539    EYC36061.1    JARK01001415    EYC05905.1    JARK01001430    EYC03360.1    JARK01001422    EYC04723.1    UZAH01038994    VDP55126.1    EYC03359.1    JARK01000281    EYC39011.1    JARK01001428    EYC03715.1    UZAF01001415    UZAF01017114    VDO08263.1    VDO38063.1    UZAH01036580    VDP46188.1    UZAH01025600    VDO67005.1    UZAH01036784    VDP47042.1    UZAH01033088    VDP26174.1    KZ348915    PIO65553.1    JARK01001382    EYC12765.1    UZAH01027944    VDO96393.1    KZ350014    PIO64310.1    JARK01001356    EYC21107.1    JARK01001340    EYC31495.1    JARK01001472    EYB97834.1    KZ346256    PIO70478.1    UZAH01026966    VDO87246.1    UZAH01035701    VDP42189.1    UZAH01004473    VDO27187.1    UZAH01026759    VDO85005.1    UZAH01027842    VDO95476.1    CAVP010061241    CDL96703.1    UZAH01027034    VDO87933.1    JARK01001375    EYC14890.1    UZAH01001784    VDO19994.1    CAVP010052206    CDL93749.1    JARK01001342    EYC29596.1    CAVP010057772    CDL94282.1    UZAH01027446    VDO91691.1    JARK01001722    JARK01001346    EYB81349.1    EYC26203.1    JARK01000336    EYC38182.1    CAVP010062000    CDL96883.1    JARK01001341    EYC29922.1    UZAH01026772    VDO85168.1    JARK01001437    EYC02250.1    UZAH01027307    VDO90480.1    CAVP010058665    CDL95025.1    CAVP010058483    CDL94742.1    UZAH01031849    VDP18192.1    UZAH01025305    VDO60984.1    UZAH01041841    VDP60735.1    UZAH01025623    VDO67507.1    UZAH01025844    VDO71503.1    UZAH01029524    VDP06516.1    JARK01001350    EYC24439.1    JARK01001380    EYC13251.1   

Proteomes

UP000053268    UP000050761    UP000053240    UP000024635    UP000038042    UP000268014    + More
UP000001038    UP000025227    UP000265180    UP000265200    UP000261560   

PRIDE

D7F169   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF03372   Exo_endo_phos

Interpro

IPR000477   RT_dom        + More
IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf       
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D7F169   C6Y4D5   A0A0N1IQB7   A0A194Q8G8   A0A183GRR2   A0A3P8EVF0   + More
A0A0C2FK24   A0A183GFE8   A0A3P8FJ37   A0A194QYH6   A0A016W910   A0A016TSY7   A0A016TKX6   A0A016TQJ7   A0A183GTH1   A0A3P8IIS2   A0A016TK27   A0A016WHD5   A0A016TLV5   A0A0N4WFX2   A0A183GPJ0   A0A3P8EHQ4   A0A183FHA3   A0A3P8B2S9   A0A183GPX7   A0A3P8D6Y9   A0A183GGD8   A0A3P8D1Q5   A0A2G9U5Q2   A0A016UC76   A0A183FY09   A0A3P8AX44   A0A2G9U478   A0A016V285   A0A016VVS4   A0A016T5F5   A0A2G9UJN8   A0A183FST0   A0A3P7YGU6   A0A183GMR5   A0A3P8H639   A0A183F922   A0A3P7UY11   A0A183FRG3   A0A3P8CJY9   A0A3B3HQB6   A0A183FXH7   A0A3P7Z2B4   W6NHB7   A0A183FT77   A0A3P8AAR6   A0A3P9K1J1   A0A016UI69   A0A3P9MAU2   A0A183F5X8   A0A3P7U6S8   W6NCE6   A0A016VQL7   W6NPY2   A0A183FVH1   A0A3P7YVX3   A0A016RTP4   A0A016WFX2   W6NHZ4   A0A016VS97   A0A183FRJ0   A0A3P8CAH6   A0A016THU0   A0A183FUR9   A0A3P7YQT3   A0A3B3HFD6   W6NDS5   W6NRE4   A0A3P9M3G7   A0A183GD02   A0A3P8AUP2   A0A183FDM4   A0A3P7XRG8   H2MG20   A0A183GWJ2   A0A3P8G0W9   A0A183FHI6   A0A3P7Y445   A0A3P9I3Z4   A0A3P9JAC7   A0A183FJN9   A0A3P7Z295   A0A3P9JDN6   A0A3B3HJS0   A0A183G4Y0   A0A3P8EHC7   A0A3P9LFI3   A0A3B3CTC7   A0A3B3HPC7   A0A3P9K4Q4   A0A016V9U6   A0A3B3IM62   A0A016UE98  

KEGG

105842995    no KO assigned | (RefSeq) RNA-directed DNA polymerase from mobile element jockey-like

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0004527  

Length:

112

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0

Exp number, first 60 AAs:

0

Total prob of N-in:

0.19766

outside

1  -  112

 

 

Pi

141.447504

Theta

130.24762

Tajima's D

1.032465

CLR

0

CSRT

0.671966401679916

Interpretation

Uncertain