Gene

KWMTBOMO05005

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr9(-):5391592-5392170      View in EpiBrowser

Location in the cell

Mitochondrial   Reliability : 2.358

CDS

ATGGACCGTATTTGGGCGGACAGAAAGATCTCGAGGAATACCAAAAAGCAGCTCGTCACCTCCCTCGTCTTTTCCATTTTTCTCTACGGCGCAGAGACCCTCAAGAAAGCCGATCGCCAACGCATCGACGCGTTTGAGATGTGGTGCTGGAGGAAAATGCTCGGGATTCGTTGGACAGAACACAGAACCAAGGAATCCATTCTTACCGAGCTCAAAATTCCAATGCGCCTCAGCACTATATGCGCGCGGAGAAGTTTCGAGATCTTTGGACATATCGCCAGAAAGAGAGGTGAAAATCTGGAAAAGCTGCTGGTAACAGGCAAGGTATGCGGGAGAAGGCACAGAGGCAGAAATCCAATGCGCTGGTCGGACCAAATACGCTCCACTCTCAATATCTCAGTCCACGTTGCTATCCACACAGCCGAGAACAGGCAGGAATGGCGCAAGATGATGCAGGAGAAAGTTATTAGAGGAGGCCACGACCCTCAGCACTGA

Protein

MDRIWADRKISRNTKKQLVTSLVFSIFLYGAETLKKADRQRIDAFEMWCWRKMLGIRWTEHRTKESILTELKIPMRLSTICARRSFEIFGHIARKRGENLEKLLVTGKVCGRRHRGRNPMRWSDQIRSTLNISVHVAIHTAENRQEWRKMMQEKVIRGGHDPQH

Uniprot

A0A2H1VNK5   A0A2H1VU13   A0A2H1V742   D7F163   D7F172   D7F161   + More
A0A3S2L0R7   D7F168   D7F174   D7F167   D7F162   D7F175   D5LB39   A0A2W1BGD9   A0A2G8LJK7   A0A2G8K796   H2YWZ6   A0A2G8JE23   H2YWZ5   A0A2G8JVA1   A0A2G8L6P4   A0A2G8JVI4   A0A2G8K183   A0A3Q1MCX3   W5NMM5   A0A3S3NR17   A0A3S3RLW1   A0A3Q1LT03   A0A2G8K327   A0A2G8KTJ4   A0A085LZ21   X1D4L4   A0A3S3P648   A0A3Q1M4E7   A0A3Q1LR75   A0A3Q1MZC9   A0A3Q1LLH3   W4Y921   W5NIE2   W5MM77   A0A3Q1NE26   A0A3Q1M7G0   F6R5D0   A0A3Q1MI63   W4YPU3   O97916   A0A3Q1MGA3   A0A3Q1LFQ0   A0A3Q1MJZ2   A0A3Q1MXT5   A0A3Q1MIT2   A0A3Q1MN00   A0A3Q1MFU8   A0A3Q1MMS2   A0A3Q1M2T8   A0A3Q1M4J9   A0A3Q1MQ02   A0A3Q1MNS1   A0A3Q1MHE1   A0A3Q1LQN1   A0A3Q1MDY8   A0A3Q1M6Y4   A0A2H6KKM9   A0A3Q1LR18   A0A3Q1LUA6   A0A3S1HJZ0   A0A3Q1LT63   A0A3Q1N3Y9   A0A3Q1LGI2   A0A3Q1N9K5   A0A3Q1NB85   A0A3Q1ML90   A0A3Q1MJK8   A0A3Q1LRK8   A0A3Q1LWU3   A0A3Q1MJR3   A0A3Q1LKL4   A0A3Q1LKN4   A0A3Q1NFA5   A0A3Q1MVY4   A0A061BKJ9   A0A085NA37   A0A023G885   A0A3Q1NE48   A0A3Q1MVF7   A0A3Q1MN71   A0A3Q1MLV4   A0A3Q1MSR0   A0A2S2NMQ2   W4XIJ5   W5MXL2   A0A3Q1NJH7   A0A3Q1ML42   A0A067RQM5   A0A3Q1NI39  

Pubmed

20470440    28756777    29023486    19393038    24929829    24624126    + More
10555285    29078748    24845553   

EMBL

ODYU01003523    SOQ42419.1    ODYU01004401    SOQ44236.1    ODYU01001007    SOQ36619.1    + More
FJ265548    ADI61816.1    FJ265557    ADI61825.1    FJ265546    ADI61814.1    RSAL01000289    RVE42931.1    FJ265553    ADI61821.1    FJ265559    ADI61827.1    FJ265552    ADI61820.1    FJ265547    ADI61815.1    FJ265560    ADI61828.1    GU815090    ADF18553.1    KZ150203    PZC72267.1    MRZV01000056    PIK60437.1    MRZV01000817    PIK43880.1    MRZV01002322    PIK33998.1    MRZV01001216    PIK39650.1    MRZV01000196    PIK55924.1    MRZV01001207    PIK39730.1    MRZV01000994    PIK41715.1    AHAT01022938    NCKU01012182    RWS00163.1    NCKU01008836    RWS01655.1    MRZV01000940    PIK42365.1    MRZV01000378    PIK51329.1    KL363256    KL367985    KFD50217.1    KFD59415.1    BART01031562    GAH15691.1    NCKU01004395    RWS06003.1    AAGJ04161766    AHAT01009145    AHAT01015286    AAGJ04055194    AJ132772    CAA10770.1    BDSA01000081    GBE63537.1    RQTK01000360    RUS81011.1    LK055282    CDR71995.1    KL363266    KL367526    KFD49675.1    KFD66333.1    GBBM01006298    JAC29120.1    GGMR01005851    MBY18470.1    AAGJ04122993    AHAT01017596    KK852482    KDR22935.1   

Proteomes

UP000283053    UP000230750    UP000007875    UP000009136    UP000018468    UP000285301    + More
UP000007110    UP000271974    UP000027135   

PRIDE

D7F163    D7F172    D7F161    D7F168    D7F174    D7F167    + More
D7F162    D7F175    D5LB39   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR000477   RT_dom        + More
IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf       
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR002138   Pept_C14_p10       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

A0A2H1VNK5   A0A2H1VU13   A0A2H1V742   D7F163   D7F172   D7F161   + More
A0A3S2L0R7   D7F168   D7F174   D7F167   D7F162   D7F175   D5LB39   A0A2W1BGD9   A0A2G8LJK7   A0A2G8K796   H2YWZ6   A0A2G8JE23   H2YWZ5   A0A2G8JVA1   A0A2G8L6P4   A0A2G8JVI4   A0A2G8K183   A0A3Q1MCX3   W5NMM5   A0A3S3NR17   A0A3S3RLW1   A0A3Q1LT03   A0A2G8K327   A0A2G8KTJ4   A0A085LZ21   X1D4L4   A0A3S3P648   A0A3Q1M4E7   A0A3Q1LR75   A0A3Q1MZC9   A0A3Q1LLH3   W4Y921   W5NIE2   W5MM77   A0A3Q1NE26   A0A3Q1M7G0   F6R5D0   A0A3Q1MI63   W4YPU3   O97916   A0A3Q1MGA3   A0A3Q1LFQ0   A0A3Q1MJZ2   A0A3Q1MXT5   A0A3Q1MIT2   A0A3Q1MN00   A0A3Q1MFU8   A0A3Q1MMS2   A0A3Q1M2T8   A0A3Q1M4J9   A0A3Q1MQ02   A0A3Q1MNS1   A0A3Q1MHE1   A0A3Q1LQN1   A0A3Q1MDY8   A0A3Q1M6Y4   A0A2H6KKM9   A0A3Q1LR18   A0A3Q1LUA6   A0A3S1HJZ0   A0A3Q1LT63   A0A3Q1N3Y9   A0A3Q1LGI2   A0A3Q1N9K5   A0A3Q1NB85   A0A3Q1ML90   A0A3Q1MJK8   A0A3Q1LRK8   A0A3Q1LWU3   A0A3Q1MJR3   A0A3Q1LKL4   A0A3Q1LKN4   A0A3Q1NFA5   A0A3Q1MVY4   A0A061BKJ9   A0A085NA37   A0A023G885   A0A3Q1NE48   A0A3Q1MVF7   A0A3Q1MN71   A0A3Q1MLV4   A0A3Q1MSR0   A0A2S2NMQ2   W4XIJ5   W5MXL2   A0A3Q1NJH7   A0A3Q1ML42   A0A067RQM5   A0A3Q1NI39  

KEGG

105842294    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC105842294

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0016021   GO:0004197  

Length:

164

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

1.10308

Exp number, first 60 AAs:

1.10112

Total prob of N-in:

0.46555

outside

1  -  164

 

 

Pi

181.709158

Theta

145.625282

Tajima's D

0.778803

CLR

0

CSRT

0.592820358982051

Interpretation

Uncertain