Gene

KWMTBOMO04727

Pre Gene Modal

BGIBMGA012813

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr8(+):13473821-13476858      View in EpiBrowser

Location in the cell

Nuclear   Reliability : 4.012

CDS

ATGGATGGAAGGCCAAACGTACGGAAGCTTGCTGAGCCCGACACACGAGCGAAGACCCACACCGCTATTAATCAATGGGCCAACGATCGTCGCACTGAAACCACTGCCTCTGACCTCGACACGTGGACTAGTCTAAAGCGAAGTGTAAAAGATATATGTCACCAATACCTCCAACCATCACAACTGGTCAAAAAACAAGATTGGATGACAGATTCAATTTTGCAGCTTATGGAAGACAGGAGGCAATTTAAGGGTACAAATCCAGTAATGTATAAGCAAATCGATGTCACCATTCGAAAAGAGATTGCGAAAGCCAAGAATGATTACTACAGCAATAAGTGCGCGCACTTGGAAGATCTCCTTCGTAAACATGACAGCTTCAATGCGCACAAGCACATCAAGGAAATGGTTGGTCATAGACGGAAATCAATGAATACTCTGACCGATGCAGGTGGTAACCTCATTCTTGACACCGATGGCAAAAAGAGAGTGTGGTGTGACTATGTTGCAGAGATGTTTGCGGACTCATCGAGGAACATTTCACCGATCACTGATCGGACTGGTCCAGCTATGTTGCGATCTGAGGTTTTGCGGGCCTTGAAAGCTGCTAAAACAGGTAAATCACCGGGTCCTGATAATATACCGATCGAAATACTAAAGTTGCTGGAAGAAGATCAACTGGACGTTCTCACACAGTTCTTCAACAACATCTACGAAACAGGCAATCTTCCTAGTGACTGGCTAAAATCCACATTCATCACGATACCCAAGAAGCAAAATGCCAAAAAATGTGGAGAGTATCGTATGATTAGTCTAATGAGCCATGTCCTAAAAGTATTCTTGAACATCATACAGAATAGAATACGGCCAAAATGTGATGAACAACTGGGCGATAGCCAATTTGGATTTCGATCTGGTGTTGGCACCAGAGAAGCTCTTTTCGCTCTCAACGTTCTCGTACAGAAATGCAGAGACATGCAAACTGATGTCTTTTTGTGCTTCATAGACTACGAAAAGGCATTTGACCGAGTTAAACATCACCAACTTTTTAGCCTTTTATGTGACATTGGTCTAGATGGTAAGGACGTCAGAATCATCCGCAACCTGTACGAGAAGCAGGTGGCTACGATAAGAGTCGAAAACGAGGAAACCGACCAAGTTGAGATCTGTCGTGGGGTCCGGCAGGGGTGTGTCTTATCCCCGTTGCTTTTTAACATCTACTCAGAGGCTGTGATGTCAAAAGCTCTTGAAAATCTTGAAGTGGGAATAGGAATCAACGGCAGGGTCGTTAACAACTTGCGTTATGCGGACGACACTATCCTTATTGCAGCATCGGAAGCCGATTTGCAAGCAATTGTGAATAAGGTTAATGAGTGCAGCGAAGAAGCCGGGTTGTCGATAAACATAAGCAAGACCAAGTTCACGGTAGTCTCAAGAAACCCGGATTTGAGTTCAAGCGTATCTGTAGCTGGGAAACAACTAGAGCGGGTACGACAGTACAAGTATTTAGGGGCTTGGGTAAACGAAGCATGGGAATCTGATCAAGAAATCAAGACCCGGATAGAAACTGCTCGAGCCTCTTTTAATAAAATGAGGAAAGTTCTTTGCTGTCGTCAACTGAATATAAAGCTCCGAGTCAGGCTACTCATGTGCTATATCTGGCCTATCGTCATGTATGGTTGCGAAACGTGGACCCTGAAAGAGGATACTACAAGACGCCTACAGGCATTCGAGATGTGGTGCTACCGTCGCATGTTACGCATTGCAGATGTACTCCTGGCCAAGACGAACCACAGACTGAAAAATATGGCGCAAAATCAGTATATTTTACACGACGCAATGAAAAAATATGGTTAG

Protein

MDGRPNVRKLAEPDTRAKTHTAINQWANDRRTETTASDLDTWTSLKRSVKDICHQYLQPSQLVKKQDWMTDSILQLMEDRRQFKGTNPVMYKQIDVTIRKEIAKAKNDYYSNKCAHLEDLLRKHDSFNAHKHIKEMVGHRRKSMNTLTDAGGNLILDTDGKKRVWCDYVAEMFADSSRNISPITDRTGPAMLRSEVLRALKAAKTGKSPGPDNIPIEILKLLEEDQLDVLTQFFNNIYETGNLPSDWLKSTFITIPKKQNAKKCGEYRMISLMSHVLKVFLNIIQNRIRPKCDEQLGDSQFGFRSGVGTREALFALNVLVQKCRDMQTDVFLCFIDYEKAFDRVKHHQLFSLLCDIGLDGKDVRIIRNLYEKQVATIRVENEETDQVEICRGVRQGCVLSPLLFNIYSEAVMSKALENLEVGIGINGRVVNNLRYADDTILIAASEADLQAIVNKVNECSEEAGLSINISKTKFTVVSRNPDLSSSVSVAGKQLERVRQYKYLGAWVNEAWESDQEIKTRIETARASFNKMRKVLCCRQLNIKLRVRLLMCYIWPIVMYGCETWTLKEDTTRRLQAFEMWCYRRMLRIADVLLAKTNHRLKNMAQNQYILHDAMKKYG

Uniprot

D5LB38   A0A2A4JBK9   A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A3S0ZV17   A0A2H6KKM9   + More
A0A2J7RLC6   A0A2J7PHX9   A0A2J7RNM5   A0A2J7QMH0   A0A2J7PJ38   A0A2J7R3B7   A0A2J7R639   A0A2J7R7D2   A0A2J7QLX7   A0A2J7R696   A0A2J7QQQ3   A0A2J7R4W1   A0A2J7RLG7   A0A2J7RRE4   A0A2J7PJ03   A0A2J7PF68   A0A2J7QNQ3   A0A2J7PZN7   A0A2J7RBL5   A0A2J7PBF1   A0A2J7RBL1   A0A2J7QSZ5   A0A2J7Q649   A0A2J7RPX5   A0A2J7PC89   A0A2J7RAC6   A0A2J7PQH3   A0A2J7R8W8   A0A2J7QJ13   A0A2J7QCG2   A0A2J7QEJ0   A0A2J7RBD8   A0A2J7RBX3   A0A2J7Q2Y3   A0A2J7PY33   A0A2J7Q2T8   A0A2J7PVW0   A0A2J7PT27   A0A2J7R8P5   A0A2J7R901   A0A2J7QUD0   A0A2J7R8G1   A0A2J7QJJ9   A0A2J7QMC5   A0A2J7QI56   A0A2J7Q6P7   A0A2J7RIL8   A0A2J7PNH4   A0A2J7PWV5   A0A3Q1LQN1   A0A2J7REE7   A0A2J7Q3K9   A0A2J7QCG0   A0A2J7QGX8   A0A2J7PTY0   A0A2J7QR01   A0A2J7PW81   A0A2J7PX03   A0A2J7RL19   A0A1W7RAL1   A0A2J7PZJ9   A0A2J7PQA3   A0A2S2PMS6   A0A2J7RLI7   A0A2J7PMJ3   A0A2J7Q2Z3   A0A2J7Q5D5   A0A2J7RP47   A0A2V9X8L4   A0A2J7QGT4   A0A2J7RGX2   A0A2J7Q7C6   A0A2J7Q6A8   A0A2J7Q0C6   A0A2J7QRF9   A0A2J7QH51   A0A2J7QKB0   A0A2J7R4R4   A0A2J7QUN7   A0A3Q1M6J7   A0A2J7Q3T8   A0A2J7QGJ2   A0A2J7PHM9   A0A3Q1LX64   A0A2J7PTS1   A0A2J7R2D1   A0A2J7QSW0   A0A2J7Q647   A0A2J7Q0P9   A0A2J7QYI2   A0A2J7RJ94   A0A2J7RQT0   A0A2J7Q5X4  

Pubmed

20470440    29078748    19393038   

EMBL

GU815089    ADF18552.1    NWSH01001998    PCG69477.1    LBMM01001656    KMQ95932.1    + More
GGMS01004979    MBY74182.1    RQTK01000700    RUS75926.1    BDSA01000081    GBE63537.1    NEVH01002690    PNF41636.1    NEVH01025130    PNF15934.1    NEVH01002150    PNF42436.1    NEVH01013208    PNF29772.1    NEVH01024952    PNF16338.1    NEVH01007822    PNF35313.1    NEVH01006981    PNF36299.1    NEVH01006734    PNF36732.1    NEVH01013241    PNF29590.1    NEVH01006936    PNF36357.1    NEVH01012083    PNF30919.1    NEVH01007402    PNF35873.1    NEVH01002684    PNF41680.1    NEVH01000609    PNF43402.1    PNF16321.1    NEVH01026085    PNF14968.1    NEVH01012564    PNF30212.1    NEVH01020333    PNF21790.1    NEVH01005896    PNF38212.1    NEVH01027104    PNF13657.1    PNF38208.1    NEVH01011205    PNF31711.1    NEVH01017540    PNF24056.1    NEVH01020851    NEVH01013954    NEVH01006574    NEVH01001358    NEVH01001354    PNF21237.1    PNF28332.1    PNF37782.1    PNF42792.1    PNF42884.1    NEVH01027067    PNF13944.1    PNF37787.1    NEVH01022636    PNF18588.1    NEVH01024428    NEVH01017533    NEVH01016946    NEVH01015820    NEVH01015300    NEVH01013960    NEVH01010478    NEVH01010477    NEVH01006721    NEVH01005894    NEVH01003749    NEVH01003737    NEVH01000598    PNF17088.1    PNF24133.1    PNF25000.1    PNF26655.1    PNF27272.1    PNF28247.1    PNF32492.1    PNF32520.1    PNF37274.1    PNF38220.1    PNF40102.1    PNF40402.1    PNF43530.1    NEVH01013563    PNF28562.1    NEVH01016289    PNF26277.1    NEVH01015309    PNF27009.1    NEVH01005906    PNF38146.1    NEVH01005889    PNF38332.1    NEVH01019075    PNF22938.1    NEVH01020850    PNF21258.1    NEVH01019077    PNF22889.1    NEVH01020940    PNF20478.1    NEVH01021921    PNF19488.1    PNF37211.1    PNF37310.1    NEVH01011186    PNF32183.1    NEVH01016335    PNF25462.1    PNF37115.1    NEVH01013553    PNF28765.1    NEVH01013215    PNF29703.1    NEVH01013959    PNF28275.1    NEVH01017460    PNF24248.1    NEVH01003500    PNF40666.1    NEVH01023953    PNF17877.1    NEVH01020867    PNF20816.1    NEVH01005277    PNF39212.1    NEVH01019066    PNF23173.1    PNF26276.1    NEVH01014359    PNF27813.1    NEVH01021219    PNF19787.1    NEVH01012082    PNF31006.1    NEVH01020937    PNF20581.1    NEVH01020865    PNF20863.1    NEVH01002700    PNF41535.1    GFAH01000222    JAV48167.1    PNF21767.1    NEVH01022640    NEVH01008218    NEVH01005885    PNF18513.1    PNF34430.1    PNF38481.1    GGMR01018096    MBY30715.1    PNF41704.1    NEVH01023985    PNF17546.1    PNF22955.1    NEVH01017570    PNF23798.1    NEVH01002141    PNF42599.1    QIAP01000240    PYX61602.1    PNF27789.1    NEVH01003750    PNF40091.1    NEVH01017443    PNF24485.1    NEVH01017534    PNF24114.1    NEVH01019971    PNF22037.1    NEVH01011898    PNF31156.1    NEVH01014358    PNF27914.1    NEVH01013275    PNF29009.1    PNF35815.1    NEVH01023960    NEVH01010501    PNF17732.1    PNF32290.1    NEVH01019064    PNF23230.1    NEVH01018372    NEVH01014371    NEVH01011208    NEVH01002697    NEVH01002552    PNF23678.1    PNF27673.1    PNF31697.1    PNF41592.1    PNF42118.1    NEVH01025135    PNF15828.1    NEVH01021221    PNF19729.1    NEVH01007834    PNF34995.1    NEVH01011217    PNF31657.1    NEVH01017541    NEVH01006570    NEVH01001345    PNF24053.1    PNF37832.1    PNF42982.1    NEVH01019964    PNF22170.1    NEVH01009090    PNF33636.1    NEVH01002994    PNF40909.1    NEVH01000618    PNF43201.1    NEVH01017543    PNF23975.1   

Proteomes

UP000218220    UP000036403    UP000271974    UP000235965    UP000009136    UP000247801    + More

PRIDE

D5LB38   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR000477   RT_dom       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D5LB38   A0A2A4JBK9   A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A3S0ZV17   A0A2H6KKM9   + More
A0A2J7RLC6   A0A2J7PHX9   A0A2J7RNM5   A0A2J7QMH0   A0A2J7PJ38   A0A2J7R3B7   A0A2J7R639   A0A2J7R7D2   A0A2J7QLX7   A0A2J7R696   A0A2J7QQQ3   A0A2J7R4W1   A0A2J7RLG7   A0A2J7RRE4   A0A2J7PJ03   A0A2J7PF68   A0A2J7QNQ3   A0A2J7PZN7   A0A2J7RBL5   A0A2J7PBF1   A0A2J7RBL1   A0A2J7QSZ5   A0A2J7Q649   A0A2J7RPX5   A0A2J7PC89   A0A2J7RAC6   A0A2J7PQH3   A0A2J7R8W8   A0A2J7QJ13   A0A2J7QCG2   A0A2J7QEJ0   A0A2J7RBD8   A0A2J7RBX3   A0A2J7Q2Y3   A0A2J7PY33   A0A2J7Q2T8   A0A2J7PVW0   A0A2J7PT27   A0A2J7R8P5   A0A2J7R901   A0A2J7QUD0   A0A2J7R8G1   A0A2J7QJJ9   A0A2J7QMC5   A0A2J7QI56   A0A2J7Q6P7   A0A2J7RIL8   A0A2J7PNH4   A0A2J7PWV5   A0A3Q1LQN1   A0A2J7REE7   A0A2J7Q3K9   A0A2J7QCG0   A0A2J7QGX8   A0A2J7PTY0   A0A2J7QR01   A0A2J7PW81   A0A2J7PX03   A0A2J7RL19   A0A1W7RAL1   A0A2J7PZJ9   A0A2J7PQA3   A0A2S2PMS6   A0A2J7RLI7   A0A2J7PMJ3   A0A2J7Q2Z3   A0A2J7Q5D5   A0A2J7RP47   A0A2V9X8L4   A0A2J7QGT4   A0A2J7RGX2   A0A2J7Q7C6   A0A2J7Q6A8   A0A2J7Q0C6   A0A2J7QRF9   A0A2J7QH51   A0A2J7QKB0   A0A2J7R4R4   A0A2J7QUN7   A0A3Q1M6J7   A0A2J7Q3T8   A0A2J7QGJ2   A0A2J7PHM9   A0A3Q1LX64   A0A2J7PTS1   A0A2J7R2D1   A0A2J7QSW0   A0A2J7Q647   A0A2J7Q0P9   A0A2J7QYI2   A0A2J7RJ94   A0A2J7RQT0   A0A2J7Q5X4  

PDB

5HHL     E-value=3.78979e-12,     Score=175

KEGG

NA   

GO

GO:0003964   GO:0004519  

Length:

618

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.589349999999999

Exp number, first 60 AAs:

0

Total prob of N-in:

0.00320

outside

1  -  618

 

 

Pi

305.98632

Theta

154.448114

Tajima's D

2.163007

CLR

56.359699

CSRT

0.906054697265137

Interpretation

Uncertain