Gene

KWMTBOMO04223

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr8(-):200194-202635      View in EpiBrowser

Location in the cell

Nuclear   Reliability : 2.516

CDS

ATGCTCGGTGCTAGCACGAGCCGCCACGGGGATGTTTGCATTGAGCACGTACGTATTATAGAAAATGAAGGCGTAGGATTTGTTCATAAAAGGGTCGTTAACAACTTGCGTTATGCGGACGACACTATCCTTATTGCAGCATCGGAAGCCGATTTGCAAGCAATTGTGAATAAGGTTAATGAGTGCAGCGAAGAAGCCGGGTTGTCGATAAACATAAGCAAGACCAAGTTCATGGTAGTCTCAAGAAACCCGGATTTGAGTTCAAGCGTATCTGTAGCTGGGAAACAACTAGAGCGGGTACGACAGTACAAGTATTTAGGGGCTTGGGTAAACGAAGCATGGGAATCTGATCAAGAAATCAAGACCCGGATAGAAACTGCTCGAGCCTCTTTTAATAAAATGAGGAAAGTTCTTTGCTGTCGTCAACTGAATATAAAGCTCCGAGTCAGGCTACTCATGTGCTATATCTGGCCTATCGTCATGTATGGTTGCGAAACGTGGACCCTGAAAGAGGACACTACAAGACGCCTACAGGCATTCGAGATGTGGTGCTACCGTCGCATGTTACGCATTGGTTGGACGCAGAGGGTCAGGAACGAAACCGTGCTTCAGCGCGTTCATATGTCCCGGAAAATGCTGCCTGCTATCAAAAAGCGCAAGATAGAGTATCTCGGCCACGTGCTCAGGAACGATCGATACATGCTGCTCCAGCTGATAATTATGGGCAAAGTGGACGGAAAGAGACGTGCTGAGCGAAGAAAGAAATCATGGCTCCGGAATATCCGGGAGTGGACCGGTATTGCCTCCGTCGAACAGCTGTTCCGGTTGGCTGCAGATAAAAACGAATATAGAAAGCTAACGGCCAACCTTCAGGATTGA

Protein

MLGASTSRHGDVCIEHVRIIENEGVGFVHKRVVNNLRYADDTILIAASEADLQAIVNKVNECSEEAGLSINISKTKFMVVSRNPDLSSSVSVAGKQLERVRQYKYLGAWVNEAWESDQEIKTRIETARASFNKMRKVLCCRQLNIKLRVRLLMCYIWPIVMYGCETWTLKEDTTRRLQAFEMWCYRRMLRIGWTQRVRNETVLQRVHMSRKMLPAIKKRKIEYLGHVLRNDRYMLLQLIIMGKVDGKRRAERRKKSWLRNIREWTGIASVEQLFRLAADKNEYRKLTANLQD

Uniprot

D5LB38   A0A2A4J795   A0A146L0Z1   A0A0A9XCF5   A0A0A9XXL9   A0A0J7KRQ5   + More
A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A2A4JBK9   A0A0B7BUR9   A0A0B7BVD3   A0A0B7BSZ9   A0A3S0ZE77   A0A0B7BVD9   A0A3S0ZVZ5   A0A3S1AZH6   H3B2Y3   A0A2J7PGF8   A0A2J7QV96   A0A2J7RQ44   X1XQS0   A0A2S2PJ33   A0A2J7PF33   A0A2J7R4L3   A0A2J7RFE8   A0A2J7PFP6   A0A2J7Q0H2   A0A2J7QLG4   A0A2J7RDL7   A0A2J7RAR3   A0A2J7Q7C4   A0A2J7QD50   A0A2J7RIN3   A0A2J7PGM6   A0A2J7RF43   A0A2J7QP57   A0A2J7R076   A0A2J7RSR3   A0A2J7QDT5   A0A2J7Q5G7   A0A2J7QQV1   A0A2J7QTS6   A0A2J7RKX8   A0A2J7Q6A9   A0A2J7PRL8   A0A2J7QJR1   A0A2J7RP34   A0A2J7RQF4   A0A2J7PJ38   J9KDM4   A0A2J7RIB8   A0A2J7PTP5   A0A2J7PLH7   A0A2J7R7G1   A0A2J7PL44   A0A2J7QD92   A0A2J7PJ03   A0A2J7RLC6   A0A2J7QYR3   A0A0P4W0B7   A0A2S2Q0B1   A0A2J7PZ27   A0A2J7PUJ0   A0A2J7QCS7   A0A2J7PM48   A0A2J7QCR2   A0A2J7PIT8   A0A2J7PKG5   A0A2J7PUR2   A0A2J7PXL1   A0A2J7QTX6   A0A2J7R2Z0   A0A2J7QGV0   A0A2J7PES2   A0A2J7RI73   A0A2J7QJ13   A0A2J7QSH1   A0A2J7QBX6   A0A2J7PS45   A0A2J7QTA1   A0A2J7R4G7   A0A2J7PWP4   A0A2J7Q5D5   A0A2J7RL85   A0A2J7PBA6   H2YWZ5   A0A2J7PWV5   A0A2J7Q6A8   A0A2J7R6B0   A0A0B7BT80   A0A2J7PPW0   A0A2J7R4W1   A0A2J7QPS5   A0A2J7QX53   A0A2J7R2Y9   A0A2J7Q6W4   A0A2J7R0K9  

Pubmed

20470440    26823975    25401762    9215903   

EMBL

GU815089    ADF18552.1    NWSH01002736    PCG67606.1    GDHC01017214    JAQ01415.1    + More
GBHO01028834    JAG14770.1    GBHO01020011    GDHC01013600    JAG23593.1    JAQ05029.1    LBMM01003995    KMQ92919.1    LBMM01001656    KMQ95932.1    GGMS01004979    MBY74182.1    NWSH01001998    PCG69477.1    HACG01049251    HACG01049252    CEK96116.1    CEK96117.1    HACG01049245    CEK96110.1    HACG01049248    HACG01049253    CEK96113.1    CEK96118.1    RQTK01000625    RUS76894.1    HACG01049255    CEK96120.1    RQTK01000209    RUS84333.1    RQTK01000685    RUS76136.1    AFYH01119920    NEVH01025635    PNF15414.1    NEVH01010478    PNF32508.1    NEVH01001347    PNF42965.1    ABLF02038495    GGMR01016842    MBY29461.1    NEVH01026085    PNF14932.1    NEVH01007405    PNF35773.1    NEVH01004413    PNF39563.1    NEVH01025651    PNF15155.1    NEVH01019967    PNF22088.1    NEVH01013245    PNF29434.1    NEVH01005288    PNF38924.1    NEVH01006565    PNF37921.1    NEVH01017443    PNF24479.1    NEVH01015827    PNF26505.1    NEVH01003494    PNF40693.1    NEVH01025174    PNF15486.1    NEVH01004414    PNF39430.1    NEVH01012097    PNF30370.1    NEVH01008283    PNF34242.1    NEVH01000251    PNF43864.1    NEVH01015814    PNF26746.1    NEVH01017562    PNF23821.1    NEVH01012082    PNF30956.1    NEVH01011193    PNF31991.1    NEVH01002704    PNF41497.1    NEVH01017534    PNF24119.1    NEVH01021956    PNF18969.1    NEVH01013550    PNF28814.1    NEVH01002141    PNF42600.1    NEVH01001338    PNF43058.1    NEVH01024952    PNF16338.1    ABLF02046942    ABLF02059971    NEVH01003502    PNF40578.1    NEVH01021229    PNF19699.1    NEVH01024426    PNF17169.1    NEVH01006732    PNF36770.1    NEVH01024527    PNF17048.1    NEVH01015826    PNF26547.1    PNF16321.1    NEVH01002690    PNF41636.1    NEVH01009084    PNF33722.1    GDRN01098129    JAI59014.1    GGMS01001369    MBY70572.1    NEVH01020341    PNF21589.1    NEVH01021197    PNF19999.1    NEVH01015882    PNF26389.1    NEVH01024421    PNF17406.1    NEVH01015905    PNF26381.1    NEVH01024955    PNF16252.1    NEVH01024544    PNF16826.1    NEVH01021193    PNF20060.1    NEVH01020856    PNF21060.1    NEVH01011192    PNF32037.1    NEVH01007823    PNF35207.1    NEVH01014359    PNF27807.1    NEVH01026089    PNF14819.1    NEVH01003505    PNF40530.1    NEVH01013563    PNF28562.1    NEVH01011876    PNF31534.1    NEVH01021216    NEVH01021205    NEVH01018378    NEVH01016294    NEVH01013243    NEVH01011194    NEVH01011186    PNF19803.1    PNF19913.1    PNF23519.1    PNF26082.1    PNF29477.1    PNF31895.1    PNF32189.1    NEVH01021939    PNF19136.1    NEVH01011198    PNF31808.1    NEVH01007419    PNF35717.1    NEVH01020871    PNF20746.1    NEVH01017570    PNF23798.1    NEVH01002692    PNF41604.1    NEVH01027118    PNF13626.1    NEVH01020867    PNF20816.1    PNF24114.1    NEVH01006832    PNF36369.1    HACG01049244    HACG01049247    CEK96109.1    CEK96112.1    NEVH01022644    PNF18361.1    NEVH01007402    PNF35873.1    NEVH01012088    PNF30586.1    NEVH01009398    PNF33134.1    NEVH01007824    PNF35186.1    NEVH01017450    PNF24326.1    NEVH01008232    PNF34368.1   

Proteomes

UP000218220    UP000036403    UP000271974    UP000008672    UP000235965    UP000007819    + More
UP000007875   

PRIDE

D5LB38   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR000477   RT_dom       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D5LB38   A0A2A4J795   A0A146L0Z1   A0A0A9XCF5   A0A0A9XXL9   A0A0J7KRQ5   + More
A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A2A4JBK9   A0A0B7BUR9   A0A0B7BVD3   A0A0B7BSZ9   A0A3S0ZE77   A0A0B7BVD9   A0A3S0ZVZ5   A0A3S1AZH6   H3B2Y3   A0A2J7PGF8   A0A2J7QV96   A0A2J7RQ44   X1XQS0   A0A2S2PJ33   A0A2J7PF33   A0A2J7R4L3   A0A2J7RFE8   A0A2J7PFP6   A0A2J7Q0H2   A0A2J7QLG4   A0A2J7RDL7   A0A2J7RAR3   A0A2J7Q7C4   A0A2J7QD50   A0A2J7RIN3   A0A2J7PGM6   A0A2J7RF43   A0A2J7QP57   A0A2J7R076   A0A2J7RSR3   A0A2J7QDT5   A0A2J7Q5G7   A0A2J7QQV1   A0A2J7QTS6   A0A2J7RKX8   A0A2J7Q6A9   A0A2J7PRL8   A0A2J7QJR1   A0A2J7RP34   A0A2J7RQF4   A0A2J7PJ38   J9KDM4   A0A2J7RIB8   A0A2J7PTP5   A0A2J7PLH7   A0A2J7R7G1   A0A2J7PL44   A0A2J7QD92   A0A2J7PJ03   A0A2J7RLC6   A0A2J7QYR3   A0A0P4W0B7   A0A2S2Q0B1   A0A2J7PZ27   A0A2J7PUJ0   A0A2J7QCS7   A0A2J7PM48   A0A2J7QCR2   A0A2J7PIT8   A0A2J7PKG5   A0A2J7PUR2   A0A2J7PXL1   A0A2J7QTX6   A0A2J7R2Z0   A0A2J7QGV0   A0A2J7PES2   A0A2J7RI73   A0A2J7QJ13   A0A2J7QSH1   A0A2J7QBX6   A0A2J7PS45   A0A2J7QTA1   A0A2J7R4G7   A0A2J7PWP4   A0A2J7Q5D5   A0A2J7RL85   A0A2J7PBA6   H2YWZ5   A0A2J7PWV5   A0A2J7Q6A8   A0A2J7R6B0   A0A0B7BT80   A0A2J7PPW0   A0A2J7R4W1   A0A2J7QPS5   A0A2J7QX53   A0A2J7R2Y9   A0A2J7Q6W4   A0A2J7R0K9  

PDB

5HHL     E-value=0.0250114,     Score=86

KEGG

101739063    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC101739063

GO

GO:0003964   GO:0004519  

Length:

292

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

1.1003

Exp number, first 60 AAs:

0

Total prob of N-in:

0.06562

outside

1  -  292

 

 

Pi

4.436102

Theta

15.772722

Tajima's D

-1.408825

CLR

16.67861

CSRT

0.0686965651717414

Interpretation

Uncertain