Gene

KWMTBOMO03025

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr5(+):16052845-16053451      View in EpiBrowser

Location in the cell

Mitochondrial   Reliability : 1.545 Nuclear   Reliability : 2.012

CDS

ATGACTTACGGTTCCGAGACGTGGTGCTTCACAAGGGATCTTTTCAGGAAGCTTAGTGTCGCGCAGCGAGCTATGGAGAGGGCTATGCTTGGTATTTCTCTACGAGATCGAATCAGAAATGAGGAGATCCGTAGAAGAACCAAAGTTGCTGACATAGCCCGTAGGATTAGCAAGCTGAAGTGGCAGTGGGCTGGCCACATAGCGCGAAGATCGGACGGCCGATGGGGCAGAAAGATCCTCGAGTGGAGACCACGTACTGGCAAACGCAGTGTGGGACGGCCACCTACCAGATGGACCGACGACCTGGTGAAAATTGCTGGGTCACGTTGGATGCAGGTGGCAACGGACCGGCCGCACTGGACATCAGTTGGAGAGGCCTATGTTCAGCAGTGGACAGAAGACAGGCTGAAATGA

Protein

MTYGSETWCFTRDLFRKLSVAQRAMERAMLGISLRDRIRNEEIRRRTKVADIARRISKLKWQWAGHIARRSDGRWGRKILEWRPRTGKRSVGRPPTRWTDDLVKIAGSRWMQVATDRPHWTSVGEAYVQQWTEDRLK

Uniprot

D7F159   D7F158   A4KWF4   A4KWF2   A4KWG0   D7F164   + More
D7F157   A0A2W1BMB6   D7F160   D7F166   D7F165   A0A2W1BGB6   A0A2H1WG43   A0A2W1BSC0   A0A2H1WM45   A0A2H1WXR7   A0A2H1VRK2   A0A2W1BLC9   A0A023EXV2   A0A2W1BCS2   A0A2A4J310   D7F179   D7F178   A0A2W1B691   A0A131YK20   E2AL50   A0A0B2US56   D7F176   A0A0B2VLG9   A0A2G8K8G7   A0A0J7KXZ5   A0A0B2UXX4   A0A2G8JFM9   A0A2W1B5F8   A0A2H1V663   A0A2W1BDX2   A0A131Z9K5   A0A2A4J025   A0A2G8JIM1   D7F177   W4YEN5   A0A2W1BSQ8   A0A0B2VA05   A0A023EWU8   W4XDK0   A0A0P4VWD0   W4YJQ5   A0A0B2VKB7   W4XCB7   W4YXJ1   W4YTY1   A0A2G8K4F2   A0A016VZE9   A0A016VZ67   A0A1E1XN17   A0A069DQ34   A0A2H1VY30   A0A224YVW5   W4YRL2   A0A183UMK8   A0A069DX96   A0A016W5P9   A0A2H1W4U6   E3NGJ2   A0A016SG46   A0A016W4R1   A0A016TK11   E3NC15   A0A2H1WE04   W4XMW4   E3MKV4   E3NQY5   E3LKV7   E3NNL1   E3N0F4   E3MII9   E3NMS2   E3NKD0   E3MH09   W4YU42   E3NB36   E3NSE7  

Pubmed

20470440    17360547    28756777    25474469    26830274    20798317    + More
29023486    27129103    25730766    29209593    26334808    28797301   

EMBL

FJ265544    ADI61812.1    FJ265543    ADI61811.1    EF113399    EF113400    + More
ABO45233.1    EF113398    EF113401    ABO45231.1    EF113402    ABO45239.1    FJ265549    ADI61817.1    FJ265542    ADI61810.1    KZ150072    PZC74016.1    FJ265545    ADI61813.1    FJ265551    ADI61819.1    FJ265550    ADI61818.1    KZ150065    PZC74169.1    ODYU01008431    SOQ52031.1    KZ149953    PZC76544.1    ODYU01009605    SOQ54153.1    ODYU01011862    SOQ57848.1    ODYU01003998    SOQ43428.1    KZ149985    PZC75698.1    GBBI01004876    JAC13836.1    KZ150485    PZC70710.1    NWSH01003335    PCG66527.1    FJ265564    ADI61832.1    FJ265563    ADI61831.1    KZ150286    PZC71609.1    GEDV01010296    JAP78261.1    GL440455    EFN65840.1    JPKZ01004123    KHN71972.1    FJ265561    ADI61829.1    JPKZ01001394    KHN82224.1    MRZV01000786    PIK44294.1    LBMM01002200    KMQ95153.1    JPKZ01002932    KHN74308.1    MRZV01002136    PIK34564.1    KZ150317    PZC71439.1    ODYU01000693    SOQ35892.1    KZ150108    PZC73382.1    GEDV01000518    JAP88039.1    NWSH01004509    PCG65028.1    MRZV01001865    PIK35593.1    FJ265562    ADI61830.1    AAGJ04035986    KZ149912    PZC78089.1    JPKZ01002136    KHN78309.1    GBBI01004877    JAC13835.1    AAGJ04011852    GDKW01001596    JAI54999.1    AAGJ04005502    JPKZ01001456    KHN81799.1    AAGJ04065374    AAGJ04144474    AAGJ04012759    MRZV01000899    PIK42833.1    JARK01001338    EYC32701.1    EYC32700.1    GFAA01002978    JAU00457.1    GBGD01002934    JAC85955.1    ODYU01004982    SOQ45402.1    GFPF01007585    MAA18731.1    AAGJ04112759    UYWY01020264    VDM41049.1    GBGD01000453    JAC88436.1    JARK01000732    EYC35149.1    ODYU01006342    SOQ48110.1    DS268655    EFO97114.1    JARK01001565    EYB89683.1    JARK01001337    EYC34625.1    JARK01001676    JARK01001446    JARK01001433    EYB83199.1    EYC01126.1    EYC02928.1    DS268591    EFO92565.1    ODYU01008030    SOQ51293.1    AAGJ04013248    DS268453    EFP04265.1    DS269613    EFO86468.1    DS268410    EFO99851.1    DS269226    EFP10832.1    DS268505    EFP13372.1    DS268448    EFP02560.1    DS269097    EFP08676.1    DS268794    EFP02105.1    DS268444    EFP01729.1    AAGJ04112537    DS268581    EFO91764.1    DS269943    EFO90109.1   

Proteomes

UP000218220    UP000000311    UP000031036    UP000230750    UP000036403    UP000007110    + More
UP000024635    UP000050794    UP000267007    UP000008281   

PRIDE

D7F159    D7F158    D7F164    D7F157    D7F160    D7F166    + More
D7F165    D7F179    D7F178    D7F176    D7F177   

Pfam

PF14529   Exo_endo_phos_2        + More
PF00078   RVT_1
PF03385   STELLO

Interpro

IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase        + More
IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf       
IPR000477   RT_dom       
IPR005049   STL-like       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D7F159   D7F158   A4KWF4   A4KWF2   A4KWG0   D7F164   + More
D7F157   A0A2W1BMB6   D7F160   D7F166   D7F165   A0A2W1BGB6   A0A2H1WG43   A0A2W1BSC0   A0A2H1WM45   A0A2H1WXR7   A0A2H1VRK2   A0A2W1BLC9   A0A023EXV2   A0A2W1BCS2   A0A2A4J310   D7F179   D7F178   A0A2W1B691   A0A131YK20   E2AL50   A0A0B2US56   D7F176   A0A0B2VLG9   A0A2G8K8G7   A0A0J7KXZ5   A0A0B2UXX4   A0A2G8JFM9   A0A2W1B5F8   A0A2H1V663   A0A2W1BDX2   A0A131Z9K5   A0A2A4J025   A0A2G8JIM1   D7F177   W4YEN5   A0A2W1BSQ8   A0A0B2VA05   A0A023EWU8   W4XDK0   A0A0P4VWD0   W4YJQ5   A0A0B2VKB7   W4XCB7   W4YXJ1   W4YTY1   A0A2G8K4F2   A0A016VZE9   A0A016VZ67   A0A1E1XN17   A0A069DQ34   A0A2H1VY30   A0A224YVW5   W4YRL2   A0A183UMK8   A0A069DX96   A0A016W5P9   A0A2H1W4U6   E3NGJ2   A0A016SG46   A0A016W4R1   A0A016TK11   E3NC15   A0A2H1WE04   W4XMW4   E3MKV4   E3NQY5   E3LKV7   E3NNL1   E3N0F4   E3MII9   E3NMS2   E3NKD0   E3MH09   W4YU42   E3NB36   E3NSE7  

KEGG

101739909    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC101739909

GO

GO:0004519   GO:0003964  

Length:

137

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.00034

Exp number, first 60 AAs:

0.00034

Total prob of N-in:

0.20821

outside

1  -  137

 

 

Pi

329.128172

Theta

183.911586

Tajima's D

2.484541

CLR

0

CSRT

0.941402929853507

Interpretation

Uncertain