Gene

KWMTBOMO02609

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr5(-):7052083-7054727      View in EpiBrowser

Location in the cell

Cytoplasmic   Reliability : 1.333 Nuclear   Reliability : 1.199

CDS

ATGTTGATTAAATTAGAAGCCAAACCATTTAACATCAACATTGTCCAAGTTTATGCGCCTACAGGGGATAAACCAATGGGCCAGATAGAGGACTTATATAGGGCTATTGATACCTTATTAAAATCTACTAAGAATCACGAGTTAGTTATCGTTATGGGTGACATGAATGCGAAGGTGGGTTCGACCATTACTCCTGGAGTGACTGGTGCTTATGGCCTTGGAAACAGAAACGATAGAGGGTACAAATCCGGATTTCGATCTGGTGTTGGCACCAGAGAAGCTCTTTTCGCTCTCAACGTTCTCGTACAGAAATGCAGAGACATGCAAACTGATGTCTTTTTGTGCTTCATAGACTATGAAAAGGCATTTGACCGAGTTAAACATCATCAACTTTTTAGCCTTTTATGTGATATTGGTCTAGATGGTAAGGACGTCAGAATCATCCGCAACCTGTACGAGAAGCAGGTGGCTACGATAAGAGTCGAAAACGAGGAAACCGACCAAGTTGAGATCTGTCGTGGGGTCCGGCAGGGGTGTGTCTTATCCCCGTTGCTTTTTAACATCTACTCAGAGGCTGTGATGTCAAAAGCTCTTGAAAATCTTGAAGTGGGAATAGGAATCAACGGCAGGGTCGTTAACAACTTGCGTTATGCGGACGACACTATCCTTATTGCAGCATCGGAAGCCGATTTGCAAGCAATTGTGAATAAGGTTAATGAGTGCAGCGAAGAAGCCGGGTTGTCGATAAACATAAGCAAGACCAAGTTCATGGTAGTCTCAAGAAACCCGGATTTGAGTTCAAGCGTATCTGTAGCTGGGAAACAACTAGAGCGGGTACGACAGTACAAGTATTTAGGGGCTTGGGTAAACGAAGCATGGGAATCTGATCAAGAAATCAAGACCCGGATAGAAACTGCTCGAGCCTCTTTTAATAAAATGAGGAAAGTTCTTTGCTGTCGTCAACTGAATATAAAGCTCCGAGTCAGGCTACTCATGTGCTATATCTGGCCTATCGTCATGTATGGTTGCGAAACGTGGACCCTGAAAGAGGACACTACAAGACGCCTACAGGCATTCGAGATGTGGTGCTACCGTCGCATGTTACGCATTGGTTGGACGCAGAGGAAAATCGCTTGA

Protein

MLIKLEAKPFNINIVQVYAPTGDKPMGQIEDLYRAIDTLLKSTKNHELVIVMGDMNAKVGSTITPGVTGAYGLGNRNDRGYKSGFRSGVGTREALFALNVLVQKCRDMQTDVFLCFIDYEKAFDRVKHHQLFSLLCDIGLDGKDVRIIRNLYEKQVATIRVENEETDQVEICRGVRQGCVLSPLLFNIYSEAVMSKALENLEVGIGINGRVVNNLRYADDTILIAASEADLQAIVNKVNECSEEAGLSINISKTKFMVVSRNPDLSSSVSVAGKQLERVRQYKYLGAWVNEAWESDQEIKTRIETARASFNKMRKVLCCRQLNIKLRVRLLMCYIWPIVMYGCETWTLKEDTTRRLQAFEMWCYRRMLRIGWTQRKIA

Uniprot

D5LB38   A0A2A4J795   A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A2A4JBK9   A0A0A9XCF5   + More
A0A0J7KRQ5   A0A0P4WAI3   A0A0B7BSZ6   A0A0B7BW23   A0A2H6KKM9   A0A2J7QE39   A0A2J7PHX7   A0A2J7RQ44   A0A2J7R9G6   A0A2J7R4S5   A0A2J7PTP5   A0A2J7PQU6   A0A2J7QD50   A0A2J7QP57   A0A2J7PW80   A0A2J7RAR3   A0A2J7PIT8   A0A2J7PTX3   A0A2J7Q6A9   A0A2J7PU17   A0A2J7PCT5   A0A2J7PRL8   A0A2J7PBA6   A0A2J7RQF4   A0A2J7RLG7   A0A2J7PLH7   A0A2J7PWP4   A0A2J7QCG0   A0A2J7PL44   A0A2J7R7G1   A0A2J7PUJ0   A0A2J7QUF4   A0A2J7PZ27   A0A2J7RIB8   A0A2J7R076   A0A2J7QCR2   A0A2J7QTA1   A0A2J7RLC6   A0A2J7QTX6   A0A2J7QD92   A0A2J7QGV0   A0A2J7RKX8   A0A2J7PUR2   A0A2J7RI73   A0A1W7RAL1   A0A2J7PKG5   A0A2J7R6B0   A0A2J7R2Z0   A0A2J7QYR3   A0A2J7PS45   A0A2J7QSH1   A0A2J7PXL1   A0A2J7PM48   A0A2J7QCS7   A0A2J7QBX6   A0A2J7PES2   A0A2J7Q0A4   A0A2J7PPW0   A0A2J7RL85   A0A2J7QX53   A0A2J7R0K9   A0A2J7QMH0   A0A2J7R3B7   A0A2J7PJ38   A0A2J7QPS5   A0A2J7PMG3   A0A2S2PMS6   A0A2J7QR53   A0A2J7R2Y9   A0A2J7Q6W4   A0A2J7QLX7   A0A2J7QV96   A0A2J7RA81   A0A2J7PH80   A0A2J7Q7Y8   A0A2J7Q4Y6   A0A2J7PJ03   A0A2J7QQQ3   A0A2J7RHX4   A0A2J7R4W1   A0A2J7R696   A0A2J7Q647   A0A2J7PTS1   A0A2J7QYI2   A0A2J7RQT0   A0A2J7RHY0   A0A2J7Q5X4   A0A2J7QSW0   A0A2J7PHX9   A0A2J7Q0P9  

Pubmed

20470440    25401762    29078748   

EMBL

GU815089    ADF18552.1    NWSH01002736    PCG67606.1    LBMM01001656    KMQ95932.1    + More
GGMS01004979    MBY74182.1    NWSH01001998    PCG69477.1    GBHO01028834    JAG14770.1    LBMM01003995    KMQ92919.1    GDRN01068433    JAI64193.1    HACG01049484    CEK96349.1    HACG01049485    CEK96350.1    BDSA01000081    GBE63537.1    NEVH01015334    PNF26845.1    NEVH01025130    PNF15928.1    NEVH01001347    PNF42965.1    NEVH01006590    PNF37477.1    NEVH01007402    PNF35832.1    NEVH01021229    PNF19699.1    NEVH01022635    PNF18676.1    NEVH01015827    PNF26505.1    NEVH01012097    PNF30370.1    NEVH01020937    PNF20580.1    NEVH01006565    PNF37921.1    NEVH01024955    PNF16252.1    NEVH01021219    PNF19785.1    NEVH01017534    PNF24119.1    NEVH01021208    PNF19832.1    NEVH01026425    PNF14146.1    NEVH01021956    PNF18969.1    NEVH01027118    PNF13626.1    NEVH01001338    PNF43058.1    NEVH01002684    PNF41680.1    NEVH01024426    PNF17169.1    NEVH01020871    PNF20746.1    NEVH01016289    PNF26276.1    NEVH01024527    PNF17048.1    NEVH01006732    PNF36770.1    NEVH01021197    PNF19999.1    NEVH01011186    PNF32215.1    NEVH01020341    PNF21589.1    NEVH01003502    PNF40578.1    NEVH01008283    PNF34242.1    NEVH01015905    PNF26381.1    NEVH01011198    PNF31808.1    NEVH01002690    PNF41636.1    NEVH01011192    PNF32037.1    NEVH01015826    PNF26547.1    NEVH01014359    PNF27807.1    NEVH01002704    PNF41497.1    NEVH01021193    PNF20060.1    NEVH01003505    PNF40530.1    GFAH01000222    JAV48167.1    NEVH01024544    PNF16826.1    NEVH01006832    PNF36369.1    NEVH01007823    PNF35207.1    NEVH01009084    PNF33722.1    NEVH01021939    PNF19136.1    NEVH01011876    PNF31534.1    NEVH01020856    PNF21060.1    NEVH01024421    PNF17406.1    NEVH01015882    PNF26389.1    NEVH01021216    NEVH01021205    NEVH01018378    NEVH01016294    NEVH01013243    NEVH01011194    PNF19803.1    PNF19913.1    PNF23519.1    PNF26082.1    PNF29477.1    PNF31895.1    PNF32189.1    NEVH01026089    PNF14819.1    NEVH01019987    PNF22012.1    NEVH01022644    PNF18361.1    NEVH01002692    PNF41604.1    NEVH01009398    PNF33134.1    NEVH01008232    PNF34368.1    NEVH01013208    PNF29772.1    NEVH01007822    PNF35313.1    NEVH01024952    PNF16338.1    NEVH01012088    PNF30586.1    NEVH01023995    PNF17517.1    GGMR01018096    MBY30715.1    NEVH01011935    PNF31074.1    NEVH01007824    PNF35186.1    NEVH01017450    PNF24326.1    NEVH01013241    PNF29590.1    NEVH01010478    PNF32508.1    NEVH01006576    PNF37748.1    NEVH01025149    PNF15684.1    NEVH01017000    PNF24690.1    NEVH01018373    PNF23643.1    PNF16321.1    NEVH01012083    PNF30919.1    NEVH01003515    PNF40437.1    PNF35873.1    NEVH01006936    PNF36357.1    NEVH01017541    NEVH01006570    NEVH01001345    PNF24053.1    PNF37832.1    PNF42982.1    NEVH01021221    PNF19729.1    NEVH01009090    PNF33636.1    NEVH01000618    PNF43201.1    PNF40438.1    NEVH01017543    PNF23975.1    NEVH01011217    PNF31657.1    PNF15934.1    NEVH01019964    PNF22170.1   

Proteomes

UP000218220    UP000036403    UP000235965   

PRIDE

D5LB38   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR000477   RT_dom       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D5LB38   A0A2A4J795   A0A0J7KZE8   A0A2S2QAF2   A0A2A4JBK9   A0A0A9XCF5   + More
A0A0J7KRQ5   A0A0P4WAI3   A0A0B7BSZ6   A0A0B7BW23   A0A2H6KKM9   A0A2J7QE39   A0A2J7PHX7   A0A2J7RQ44   A0A2J7R9G6   A0A2J7R4S5   A0A2J7PTP5   A0A2J7PQU6   A0A2J7QD50   A0A2J7QP57   A0A2J7PW80   A0A2J7RAR3   A0A2J7PIT8   A0A2J7PTX3   A0A2J7Q6A9   A0A2J7PU17   A0A2J7PCT5   A0A2J7PRL8   A0A2J7PBA6   A0A2J7RQF4   A0A2J7RLG7   A0A2J7PLH7   A0A2J7PWP4   A0A2J7QCG0   A0A2J7PL44   A0A2J7R7G1   A0A2J7PUJ0   A0A2J7QUF4   A0A2J7PZ27   A0A2J7RIB8   A0A2J7R076   A0A2J7QCR2   A0A2J7QTA1   A0A2J7RLC6   A0A2J7QTX6   A0A2J7QD92   A0A2J7QGV0   A0A2J7RKX8   A0A2J7PUR2   A0A2J7RI73   A0A1W7RAL1   A0A2J7PKG5   A0A2J7R6B0   A0A2J7R2Z0   A0A2J7QYR3   A0A2J7PS45   A0A2J7QSH1   A0A2J7PXL1   A0A2J7PM48   A0A2J7QCS7   A0A2J7QBX6   A0A2J7PES2   A0A2J7Q0A4   A0A2J7PPW0   A0A2J7RL85   A0A2J7QX53   A0A2J7R0K9   A0A2J7QMH0   A0A2J7R3B7   A0A2J7PJ38   A0A2J7QPS5   A0A2J7PMG3   A0A2S2PMS6   A0A2J7QR53   A0A2J7R2Y9   A0A2J7Q6W4   A0A2J7QLX7   A0A2J7QV96   A0A2J7RA81   A0A2J7PH80   A0A2J7Q7Y8   A0A2J7Q4Y6   A0A2J7PJ03   A0A2J7QQQ3   A0A2J7RHX4   A0A2J7R4W1   A0A2J7R696   A0A2J7Q647   A0A2J7PTS1   A0A2J7QYI2   A0A2J7RQT0   A0A2J7RHY0   A0A2J7Q5X4   A0A2J7QSW0   A0A2J7PHX9   A0A2J7Q0P9  

PDB

5HHL     E-value=3.09732e-10,     Score=156

KEGG

NA   

GO

GO:0003964   GO:0004519  

Length:

378

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.78928

Exp number, first 60 AAs:

0.00289

Total prob of N-in:

0.00812

outside

1  -  378

 

 

Pi

232.32086

Theta

191.210306

Tajima's D

0.76373

CLR

34.857337

CSRT

0.589620518974051

Interpretation

Uncertain