Gene

KWMTBOMO01410

Pre Gene Modal

BGIBMGA012813

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr3(+):10158511-10159749      View in EpiBrowser

Location in the cell

Nuclear   Reliability : 2.145

CDS

ATGTTGGGGTCTGAGGTTTTGCGGGCCTTGAAAGCTGCTAAAACAGGTAAATCACCGGGTCCTGATAATATACCGATCGAAATACTAAAGTTGCTGGAAGAAGATCAACTGGACGCTCTCGCACAGTTCTTCAATAACATCTATGAAACTGGCAATCTTCCTAGTGACTGGCTAAAATCCACATTCATCACGATACCCAAGAAGCAAAACGCCAAAAAATCTGGAGAGTATCGTATGATTAGTCTGATGAGCCATGTTCTAAAAGTATTCTTGAACATCGTACAGAATAGAATACGGTCAAAATGTGATGAACAACTGGGCGATAGCCAATTTGGATTTCGATCTGGTGTTGGCACCAGAGAAGCTCTTTTCGCTCTCAATGTTCTCGTACAGAAATGCAGGGACATGCAAACTGATGTCTTTTTGTGCTTCACAGACTACGAAAAGGCATTTGACCGAGTTAAACATCATAACTTTTCAGCCTTTTATGTGACATTGGTCTTGATGGCTGTGATGCCAAAAGCTCTTGAAAACCTTGAAGTGAGAATAGGAATCAACGGCAGGGTCGTTAACAACTTGCGTTTTGCGGACGACACTATCCTTATTGCAGCATCGGAAGCCGATTTGCAAGCAATTGTGAATAAGGTTAATGAGTACAGCGAGGAAGCCGGTTTGTCGATAAACATAAGCAAGACCAAGTTCATGGTAGTCTCAAGAAACCCGGGTTTGAGTTCAAGCGTATATGTAGCTGGAAAACAACTAGAGCGGGTACGACAGTACAAGTATTTGGCGGCTTGGGTAAATGAAGCATGGAAATCTGATCAAGAAATCAAGATCTGGATAGAAATTGCTCGGGCCCCTTTTAATAAAATGAGGAAAGTTCTTTGCTGTCGTCAACTGAATATAAAGCTCCGAGTCAGGCTACACGGCTACATACCCGTGCGGACTCAGAAGAGGTCCTACCACCAGATGTTTATGTTTATGTTTATGTGA

Protein

MLGSEVLRALKAAKTGKSPGPDNIPIEILKLLEEDQLDALAQFFNNIYETGNLPSDWLKSTFITIPKKQNAKKSGEYRMISLMSHVLKVFLNIVQNRIRSKCDEQLGDSQFGFRSGVGTREALFALNVLVQKCRDMQTDVFLCFTDYEKAFDRVKHHNFSAFYVTLVLMAVMPKALENLEVRIGINGRVVNNLRFADDTILIAASEADLQAIVNKVNEYSEEAGLSINISKTKFMVVSRNPGLSSSVYVAGKQLERVRQYKYLAAWVNEAWKSDQEIKIWIEIARAPFNKMRKVLCCRQLNIKLRVRLHGYIPVRTQKRSYHQMFMFMFM

Uniprot

D5LB38   A0A0J7KZE8   A0A2A4JBK9   A0A2S2QAF2   W4Y5A2   H3B2Y3   + More
A0A3B1JXQ2   A0A0A9WVQ5   A0A146LUY8   A0A2H6KKM9   A0A2B7ZVN8   A0A2J7R4S5   A0A2G8KPS5   H3ALG5   A0A2J7RJ94   A0A2J7PH94   A0A2J7RLG7   A0A2J7PQQ3   A0A2J7Q5X2   A0A2J7QCG0   A0A2J7RLC6   A0A2J7PES2   A0A2J7PL99   A0A2J7R076   A0A2J7QUF4   A0A2J7QD92   A0A2J7RDM6   A0A2J7QTX6   A0A2J7PZJ9   A0A2J7PJ38   A0A2J7RL85   A0A2J7QMH0   A0A2J7R3B7   A0A2J7Q0A4   A0A2J7Q6F7   A0A2J7QQQ3   A0A2J7PJ03   A0A2J7R4W1   A0A2J7R0K9   A0A2J7PPW0   A0A3P8TFH9   A0A2J7Q7Y8   A0A2J7QLX7   A0A2J7QPS5   A0A2J7R2Y9   A0A2J7QX53   A0A2J7RA81   A0A2J7PH80   A0A2J7PSH5   A0A2J7QV96   A0A2J7QRF9   A0A2J7RQT0   A0A2J7PQH3   A0A2J7QYI2   A0A2J7Q5X4   A0A2J7Q2Y3   A0A2J7R696   A0A2J7R8W8   A0A2J7Q647   A0A2J7R2D1   A0A2J7QSW0   A0A2J7PTS1   A0A2J7QEJ0   A0A2J7RBX3   A0A2J7PY33   A0A2J7RAC6   A0A2J7Q0P9   A0A2J7Q2T8   A0A2J7RJY3   A0A2J7PFC5   A0A2J7PHX9   A0A2J7QJ13   A0A2J7PWV5   A0A2S2QSL5   A0A2J7RBD8   A0A2J7RNM5   A0A2J7RL19   A0A2J7PMY4   A0A2J7R639   A0A2J7R7D2   A0A2J7PC89   A0A2J7QGX8   A0A2J7QLQ1   A0A2J7Q3K9   A0A2J7RES7   A0A2J7PNH4   A0A2J7QI56   A0A2J7RBL5   A0A2J7RRE4   A0A2J7PBF1   A0A2J7Q6T5   A0A2J7RPX5   A0A2J7QCG2   A0A2J7PF68   A0A2J7QSZ5   A0A2J7Q649   A0A2J7PZN7   A0A2J7Q5D5  

Pubmed

20470440    9215903    25329095    25401762    26823975    29078748    + More
29023486   

EMBL

GU815089    ADF18552.1    LBMM01001656    KMQ95932.1    NWSH01001998    PCG69477.1    + More
GGMS01004979    MBY74182.1    AAGJ04160952    AFYH01119920    GBHO01033031    GBHO01015473    GBHO01015472    GBHO01015471    GBHO01015469    GBHO01013134    GBHO01013133    GBHO01013129    GBHO01013128    JAG10573.1    JAG28131.1    JAG28132.1    JAG28133.1    JAG28135.1    JAG30470.1    JAG30471.1    JAG30475.1    JAG30476.1    GDHC01007098    GDHC01001590    JAQ11531.1    JAQ17039.1    BDSA01000081    GBE63537.1    PDHN01000994    PGH37471.1    NEVH01007402    PNF35832.1    MRZV01000437    PIK50012.1    AFYH01197936    NEVH01002994    PNF40909.1    NEVH01025142    PNF15703.1    NEVH01002684    PNF41680.1    NEVH01022635    PNF18665.1    NEVH01017543    PNF23974.1    NEVH01016289    PNF26276.1    NEVH01002690    PNF41636.1    NEVH01026089    PNF14819.1    NEVH01024426    PNF17117.1    NEVH01008283    PNF34242.1    NEVH01011186    PNF32215.1    NEVH01015826    PNF26547.1    NEVH01005288    PNF38934.1    NEVH01011192    PNF32037.1    NEVH01020333    PNF21767.1    NEVH01024952    PNF16338.1    NEVH01002692    PNF41604.1    NEVH01013208    PNF29772.1    NEVH01007822    PNF35313.1    NEVH01019987    PNF22012.1    NEVH01017478    PNF24170.1    NEVH01012083    PNF30919.1    PNF16321.1    PNF35873.1    NEVH01008232    PNF34368.1    NEVH01022644    PNF18361.1    NEVH01017000    PNF24690.1    NEVH01013241    PNF29590.1    NEVH01012088    PNF30586.1    NEVH01007824    PNF35186.1    NEVH01009398    PNF33134.1    NEVH01006576    PNF37748.1    NEVH01025149    PNF15684.1    NEVH01021931    PNF19256.1    NEVH01010478    PNF32508.1    NEVH01011898    PNF31156.1    NEVH01000618    PNF43201.1    NEVH01022636    PNF18588.1    NEVH01009090    PNF33636.1    PNF23975.1    NEVH01019075    PNF22938.1    NEVH01006936    PNF36357.1    NEVH01024428    NEVH01017533    NEVH01016946    NEVH01015820    NEVH01015300    NEVH01013960    NEVH01010477    NEVH01006721    NEVH01005894    NEVH01003749    NEVH01003737    NEVH01000598    PNF17088.1    PNF24133.1    PNF25000.1    PNF26655.1    PNF27272.1    PNF28247.1    PNF32492.1    PNF32520.1    PNF37274.1    PNF38220.1    PNF40102.1    PNF40402.1    PNF43530.1    NEVH01017541    NEVH01006570    NEVH01001345    PNF24053.1    PNF37832.1    PNF42982.1    NEVH01007834    PNF34995.1    NEVH01011217    PNF31657.1    NEVH01021221    PNF19729.1    NEVH01015309    PNF27009.1    NEVH01005889    PNF38332.1    NEVH01020850    PNF21258.1    NEVH01006574    PNF37787.1    NEVH01019964    PNF22170.1    NEVH01019077    PNF22889.1    NEVH01002982    PNF41147.1    NEVH01025668    PNF15041.1    NEVH01025130    PNF15934.1    NEVH01013563    PNF28562.1    NEVH01020867    PNF20816.1    GGMS01011307    MBY80510.1    NEVH01005906    PNF38146.1    NEVH01002150    PNF42436.1    NEVH01002700    PNF41535.1    NEVH01023960    PNF17698.1    NEVH01006981    PNF36299.1    NEVH01006734    PNF36732.1    NEVH01027067    PNF13944.1    NEVH01014359    PNF27813.1    NEVH01013243    PNF29503.1    NEVH01019066    PNF23173.1    NEVH01004944    PNF39341.1    NEVH01023953    PNF17877.1    NEVH01013959    PNF28275.1    NEVH01005896    PNF38212.1    NEVH01000609    PNF43402.1    NEVH01027104    PNF13657.1    NEVH01017452    PNF24293.1    NEVH01020851    NEVH01013954    NEVH01001358    NEVH01001354    PNF21237.1    PNF28332.1    PNF37782.1    PNF42792.1    PNF42884.1    PNF26277.1    NEVH01026085    PNF14968.1    NEVH01011205    PNF31711.1    NEVH01017540    PNF24056.1    PNF21790.1    NEVH01017570    PNF23798.1   

Proteomes

UP000036403    UP000218220    UP000007110    UP000008672    UP000018467    UP000235965    + More
UP000230750    UP000265080   

PRIDE

D5LB38   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR000477   RT_dom       
IPR000637   HMGI/Y_DNA-bd_CS       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

D5LB38   A0A0J7KZE8   A0A2A4JBK9   A0A2S2QAF2   W4Y5A2   H3B2Y3   + More
A0A3B1JXQ2   A0A0A9WVQ5   A0A146LUY8   A0A2H6KKM9   A0A2B7ZVN8   A0A2J7R4S5   A0A2G8KPS5   H3ALG5   A0A2J7RJ94   A0A2J7PH94   A0A2J7RLG7   A0A2J7PQQ3   A0A2J7Q5X2   A0A2J7QCG0   A0A2J7RLC6   A0A2J7PES2   A0A2J7PL99   A0A2J7R076   A0A2J7QUF4   A0A2J7QD92   A0A2J7RDM6   A0A2J7QTX6   A0A2J7PZJ9   A0A2J7PJ38   A0A2J7RL85   A0A2J7QMH0   A0A2J7R3B7   A0A2J7Q0A4   A0A2J7Q6F7   A0A2J7QQQ3   A0A2J7PJ03   A0A2J7R4W1   A0A2J7R0K9   A0A2J7PPW0   A0A3P8TFH9   A0A2J7Q7Y8   A0A2J7QLX7   A0A2J7QPS5   A0A2J7R2Y9   A0A2J7QX53   A0A2J7RA81   A0A2J7PH80   A0A2J7PSH5   A0A2J7QV96   A0A2J7QRF9   A0A2J7RQT0   A0A2J7PQH3   A0A2J7QYI2   A0A2J7Q5X4   A0A2J7Q2Y3   A0A2J7R696   A0A2J7R8W8   A0A2J7Q647   A0A2J7R2D1   A0A2J7QSW0   A0A2J7PTS1   A0A2J7QEJ0   A0A2J7RBX3   A0A2J7PY33   A0A2J7RAC6   A0A2J7Q0P9   A0A2J7Q2T8   A0A2J7RJY3   A0A2J7PFC5   A0A2J7PHX9   A0A2J7QJ13   A0A2J7PWV5   A0A2S2QSL5   A0A2J7RBD8   A0A2J7RNM5   A0A2J7RL19   A0A2J7PMY4   A0A2J7R639   A0A2J7R7D2   A0A2J7PC89   A0A2J7QGX8   A0A2J7QLQ1   A0A2J7Q3K9   A0A2J7RES7   A0A2J7PNH4   A0A2J7QI56   A0A2J7RBL5   A0A2J7RRE4   A0A2J7PBF1   A0A2J7Q6T5   A0A2J7RPX5   A0A2J7QCG2   A0A2J7PF68   A0A2J7QSZ5   A0A2J7Q649   A0A2J7PZN7   A0A2J7Q5D5  

PDB

5HHL     E-value=0.00801688,     Score=91

KEGG

105842939    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC105842939

GO

GO:0003964   GO:0004519   GO:0006355  

Length:

330

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.34024

Exp number, first 60 AAs:

0

Total prob of N-in:

0.01635

outside

1  -  330

 

 

Pi

463.673846

Theta

202.430188

Tajima's D

4.024411

CLR

0

CSRT

0.998950052497375

Interpretation

Uncertain