Gene

KWMTBOMO01217

Annotation

endonuclease-reverse_transcriptase_[Bombyx_mori]

Location

Bomo_Chr3(-):5025397-5025884      View in EpiBrowser

Location in the cell

Mitochondrial   Reliability : 2.725

CDS

ATGCGTCTGGTTCGTACGTTGGTCTTCTCTATCTTCCTGTACGGGGTGGAGACTTGGTGTCTCAGGAAAAAGGAACGCAAAAAGATTGAGGCGTTTGAAATGTATTGCTGGAGAAAGCTGCTACGCATTCCTTGGACAGCTATGAGAACCAATCCTCGAAGAGCTGAAGATCACCAAGCGCCTGCTGACTATGTGCCAGAAAGGATCCGGAGTTTCTTTGGGCACATAATGCGATCCTCATTGCACAGCCTGGAGAAACTCACAATTCTCGGACAAATGGAGGGGAAGCGCACTAGAGGAAGAGCGCCAGCTAGATGGATTGACCAACTCAAGGAGGTGACTGGAGGCCAGATATGGGGAGCGGTACATATGGCGCAGAACCGGACCGAGTGGAGAAGATTGACATACAGTCACGATCCTCAGCATTGA

Protein

MRLVRTLVFSIFLYGVETWCLRKKERKKIEAFEMYCWRKLLRIPWTAMRTNPRRAEDHQAPADYVPERIRSFFGHIMRSSLHSLEKLTILGQMEGKRTRGRAPARWIDQLKEVTGGQIWGAVHMAQNRTEWRRLTYSHDPQH

Uniprot

A0A2W1BGD9   D5LB39   D7F163   D7F161   A0A2H1V742   A0A2H1VNK5   + More
D7F162   D7F175   D7F167   D7F172   A0A2H1VU13   D7F168   A0A2G8K183   H2YWZ6   A0A2G8JVA1   H2YWZ5   A0A2G8L6P4   W5NMM5   A0A2G8JVI4   A0A2G8JE23   A0A2G8LJK7   A0A2G8K796   A0A2G8K327   A0A2G8KTJ4   X1D4L4   D7F174   W4Y921   W4YPU3   A0A085LZ21   W5NIE2   W5MM77   A0A067RQM5   A0A067QUH9   A0A067R8J7   X1WK45   A0A067RDT2   A0A067QXS5   W5N9W4   A0A2S2NMQ2   A0A085NA37   J9LZK0   A0A067QJX4   A0A146L0Z1   A0A0K8S9L8   H3B2Y3   A0A067QZY5   O97916   W5MXL2   W5NLK6   A0A2W1BSS7   A0A067R1I3   A0A023G885   J9KDM4   A0A067RS42   A0A146M2R9   A0A2A4J795   A0A2H1W7G4   W5MYT3   X1XC23   W4Z5A1   X1XQS0   A0A0P4W0B7   D5LB38   W5NMX6   A0A2S2Q0B1   A0A2G8L4W3   W5MW18   W4ZJA4   A0A2H6KKM9   J9LIJ7   A0A2S2P9Y7   W4XIJ5   A0A2V9X8L4   A0A2S2QAF2   A0A2A4JXP9   W5PUC3   W4XFH1   A0A2S2PZ46   A0A0A9XXL9   A0A2G8JIV5   A0A2S2NX31   A0A2S2PJ80   A0A2S2QE77   K7EWB3   A0A2S2PMS6   A0A061BKJ9   A0A2J7RM57   A0A076N1B6   A0A076N3Z4   W5MUQ0   A0A2G8JCI6  

Pubmed

28756777    20470440    29023486    24624126    24929829    24845553    + More
26823975    9215903    10555285    29078748    20809919    25401762    17381049   

EMBL

KZ150203    PZC72267.1    GU815090    ADF18553.1    FJ265548    ADI61816.1    + More
FJ265546    ADI61814.1    ODYU01001007    SOQ36619.1    ODYU01003523    SOQ42419.1    FJ265547    ADI61815.1    FJ265560    ADI61828.1    FJ265552    ADI61820.1    FJ265557    ADI61825.1    ODYU01004401    SOQ44236.1    FJ265553    ADI61821.1    MRZV01000994    PIK41715.1    MRZV01001216    PIK39650.1    MRZV01000196    PIK55924.1    AHAT01022938    MRZV01001207    PIK39730.1    MRZV01002322    PIK33998.1    MRZV01000056    PIK60437.1    MRZV01000817    PIK43880.1    MRZV01000940    PIK42365.1    MRZV01000378    PIK51329.1    BART01031562    GAH15691.1    FJ265559    ADI61827.1    AAGJ04161766    AAGJ04055194    KL363256    KL367985    KFD50217.1    KFD59415.1    AHAT01009145    AHAT01015286    KK852482    KDR22935.1    KK852941    KDR13536.1    KK852811    KDR15914.1    ABLF02024992    ABLF02024994    ABLF02025002    ABLF02043975    KK852530    KDR21932.1    KK853131    KDR10935.1    AHAT01022314    GGMR01005851    MBY18470.1    KL363266    KL367526    KFD49675.1    KFD66333.1    ABLF02042206    KK853249    KDR09341.1    GDHC01017214    JAQ01415.1    GBRD01015972    GBRD01015971    GBRD01015970    JAG49854.1    AFYH01119920    KK852843    KDR15156.1    AJ132772    CAA10770.1    AHAT01017596    AHAT01012943    KZ149985    PZC75696.1    KK852779    KDR16678.1    GBBM01006298    JAC29120.1    ABLF02046942    ABLF02059971    KK852456    KDR23625.1    GDHC01004555    JAQ14074.1    NWSH01002736    PCG67606.1    ODYU01006805    SOQ48998.1    AHAT01017643    ABLF02031909    AAGJ04128321    ABLF02038495    GDRN01098129    JAI59014.1    GU815089    ADF18552.1    AHAT01025955    GGMS01001369    MBY70572.1    MRZV01000221    PIK55282.1    AHAT01013157    AHAT01013158    AAGJ04021158    BDSA01000081    GBE63537.1    ABLF02012409    ABLF02012412    GGMR01013640    MBY26259.1    AAGJ04122993    QIAP01000240    PYX61602.1    GGMS01004979    MBY74182.1    NWSH01000469    PCG76200.1    AMGL01091659    AMGL01091660    AMGL01091661    AMGL01091662    AMGL01091663    AMGL01091664    AMGL01091665    AMGL01091666    AMGL01091667    AMGL01091668    AAGJ04075245    GGMS01001437    MBY70640.1    GBHO01020011    GDHC01013600    JAG23593.1    JAQ05029.1    MRZV01001840    PIK35676.1    GGMR01009131    MBY21750.1    GGMR01016881    MBY29500.1    GGMS01006790    MBY75993.1    AGCU01064655    GGMR01018096    MBY30715.1    LK055282    CDR71995.1    NEVH01002574    PNF41923.1    KF881087    AIJ27486.1    KF881086    AIJ27485.1    AHAT01016497    MRZV01002544    PIK33458.1   

Proteomes

UP000230750    UP000007875    UP000018468    UP000007110    UP000027135    UP000007819    + More
UP000008672    UP000218220    UP000247801    UP000002356    UP000007267    UP000235965   

PRIDE

D5LB39    D7F163    D7F161    D7F162    D7F175    D7F167    + More
D7F172    D7F168    D7F174    D5LB38   

Pfam

PF00078   RVT_1        + More
PF14529   Exo_endo_phos_2
PF03221   HTH_Tnp_Tc5
PF04218   CENP-B_N
PF05699   Dimer_Tnp_hAT

Interpro

IPR036691   Endo/exonu/phosph_ase_sf        + More
IPR000477   RT_dom       
IPR005135   Endo/exonuclease/phosphatase       
IPR002138   Pept_C14_p10       
IPR006600   HTH_CenpB_DNA-bd_dom       
IPR007889   HTH_Psq       
IPR009057   Homeobox-like_sf       
IPR008906   HATC_C_dom       

SUPFAM

SSF56219   SSF56219        + More
SSF46689   SSF46689       

Gene 3D

3.60.10.10    

ProteinModelPortal

A0A2W1BGD9   D5LB39   D7F163   D7F161   A0A2H1V742   A0A2H1VNK5   + More
D7F162   D7F175   D7F167   D7F172   A0A2H1VU13   D7F168   A0A2G8K183   H2YWZ6   A0A2G8JVA1   H2YWZ5   A0A2G8L6P4   W5NMM5   A0A2G8JVI4   A0A2G8JE23   A0A2G8LJK7   A0A2G8K796   A0A2G8K327   A0A2G8KTJ4   X1D4L4   D7F174   W4Y921   W4YPU3   A0A085LZ21   W5NIE2   W5MM77   A0A067RQM5   A0A067QUH9   A0A067R8J7   X1WK45   A0A067RDT2   A0A067QXS5   W5N9W4   A0A2S2NMQ2   A0A085NA37   J9LZK0   A0A067QJX4   A0A146L0Z1   A0A0K8S9L8   H3B2Y3   A0A067QZY5   O97916   W5MXL2   W5NLK6   A0A2W1BSS7   A0A067R1I3   A0A023G885   J9KDM4   A0A067RS42   A0A146M2R9   A0A2A4J795   A0A2H1W7G4   W5MYT3   X1XC23   W4Z5A1   X1XQS0   A0A0P4W0B7   D5LB38   W5NMX6   A0A2S2Q0B1   A0A2G8L4W3   W5MW18   W4ZJA4   A0A2H6KKM9   J9LIJ7   A0A2S2P9Y7   W4XIJ5   A0A2V9X8L4   A0A2S2QAF2   A0A2A4JXP9   W5PUC3   W4XFH1   A0A2S2PZ46   A0A0A9XXL9   A0A2G8JIV5   A0A2S2NX31   A0A2S2PJ80   A0A2S2QE77   K7EWB3   A0A2S2PMS6   A0A061BKJ9   A0A2J7RM57   A0A076N1B6   A0A076N3Z4   W5MUQ0   A0A2G8JCI6  

KEGG

105841324    no KO assigned | (RefSeq) uncharacterized LOC105841324

GO

GO:0004519   GO:0003964   GO:0004197   GO:0003677   GO:0016021   GO:0046983  

SignalP

Position:   1 - 20,         Likelihood:  0.718273

 

 

Length:

142

Number of predicted TMHs:

0

Exp number of AAs in TMHs:

0.931919999999998

Exp number, first 60 AAs:

0.93152

Total prob of N-in:

0.11262

outside

1  -  142

 

 

Pi

359.450945

Theta

153.12033

Tajima's D

4.236395

CLR

0

CSRT

0.999600019999

Interpretation

Uncertain